La ex hacienda de Nogueras se localiza a 1,3 km al noreste del pueblo de Comala, comunicada por una angosta brecha de piedra bola. Se estableció en la segunda mitad del siglo pasado para la elaboración de azúcar y piloncillo. Está construida con muros de adobe y cubiertas de teja.
La capilla está ubicada junto a la casa principal de la ex hacienda, frente a la plaza central del conjunto. Al norte colinda con una galería de la Universidad de Colima, espacio que corresponde a las antiguas bodegas del conjunto. Es de manufactura popular, construida por los trabajadores de la ex hacienda.
El inmueble es de una sola nave con presbiterio. La nave se amplió recientemente, cuando se demolió el muro testero del presbiterio y se integró el espacio de la sacristía. La cubierta está dividida en dos: la parte antigua es de bóveda plana y el anexo nuevo es de concreto.
El presbiterio está sobre una plataforma delimitada por una balaustrada sencilla de madera. El muro testero contiene un altar sencillo, de manufactura reciente, con la imagen de Nuestra Señora del Refugio. A la derecha del presbiterio hay un gran ventanal que ilumina el interior.
La fachada es sencilla y de pequeñas dimensiones, compuesta por la portada y la torre campanario. La portada está enmarcada por medias muestras y remata en un frontón decorado; contiene el acceso principal, concluido en un arco de medio punto.
Además del acceso principal, se puede acceder a la capilla desde la casa principal por un acceso en el muro derecho de la nave.
La torre campanario es de planta cuadrada, de un cuerpo, rematada en cupulín. El acceso al interior se hace desde la ex hacienda por una puerta localizada en el muro izquierdo de la torre.
La capilla usó la plaza central como espacio atrial.
El conjunto de la ex hacienda pertenece a don Alejandro Rangel Hidalgo, connotado pintor colimense. Él ha remodelado el inmueble y lo ha convertido en un sitio de atracción turística. La galería contigua al templo muestra algunas de sus pinturas.
