La fundación del convento de San Agustín se realizó el 26 de marzo de 1615, cuando fray Juan de San Nicolás colocó una campana y un altar al aire libre y ofició misa. La orden de San Agustín construyó un sencillo templo de adobe al que se le dio el nombre de San Juan de Sahagún, en recuerdo de un fraile agustino. Veintiséis años después se inició la fabricación del actual templo y, para 1655, el presbiterio y el crucero quedaron terminados; sus torres estuvieron listas dos años después.
El proceso de ornamentación interior se llevó a cabo entre los siglos XVII y XVIII. El 6 de diciembre de 1706 se dedicó a San Agustín.
La planta del templo es de cruz latina. En el primer tramo encontramos el coro, el sotocoro y las torres; del segundo al cuarto, la nave; en el quinto, el crucero, y en el sexto, el presbiterio.
La sacristía rodea el presbiterio por tres de sus lados.
Junto a la sacristía, del lado izquierdo, hay una nave de cuatro tramos que parece haber servido como capilla. Saliendo de dicha capilla se llega a un claustro de un nivel.
Del lado oriente del templo se encuentran dos claustros. El más cercano al templo es de dos niveles y actualmente funciona como casa de la cultura. El otro claustro, de un nivel, está prácticamente en ruinas, aunque algunas de sus dependencias funcionan como biblioteca; está bajo la jurisdicción del Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH).
