El templo fue construido con las aportaciones económicas ofrecidas por don Juan Martínez de Soria y por los dueños de las minas de Cata y San Lorenzo. No se sabe la fecha en que comenzó a construirse, pero el historiador Marmolejo menciona que en 1725 fue dedicado y estrenado.
Su estilo es churrigueresco y está ornamentado con temas de la Pasión de Cristo.
El santuario del Señor de Villaseca toma su nombre del Cristo que pudo haber sido regalado por don Alonso de Villaseca, nacido en Toledo y llegado a la ciudad de México en 1540.
El retablo principal barroco fue sustituido por uno neoclásico en el siglo XIX.
