La población de Yaa, ubicada en el distrito de Villa Alta, es un asentamiento del siglo XVI, fundado después de 1501. Se encuentra sobre una ladera de suelo tepetatoso, dentro de la cordillera al sur de la cabecera del distrito, al noreste de la ciudad de Oaxaca.
El templo pertenece a la parroquia de Betaza y fue construido en 1620 con muros de adobe y piedra, y cubierta de madera y teja. Está rodeado por un amplio espacio abierto donde se encuentran los principales edificios públicos y un quiosco construido recientemente.
La nave del templo consta de tres tramos: el primero, de gran tamaño, alberga el coro y capillas cripto-laterales; el segundo cuerpo mantiene una distribución similar; y el tercer tramo corresponde al presbiterio, de poca profundidad y ligeramente elevado respecto a los tramos anteriores.
En el exterior, los muros se refuerzan con contrafuertes laterales y dos más en las esquinas posteriores. Actualmente, el templo está cubierto por un sistema de bóvedas: cúpulas gallonadas de sección octogonal sobre pechinas para el ábside y el primer tramo, y una bóveda de cañón corrido de medio punto para el resto de la nave. Todo el inmueble está aplanado y pintado: el exterior con cal blanca y las bóvedas recubiertas de ladrillo rojo.
Las dos torres originales, ubicadas a los lados de la fachada, sirvieron de base a los campanarios que las reemplazaron durante el siglo XX. La portada se organiza en dos cuerpos: el primero con arco de medio punto para el acceso y nichos laterales, y el segundo que contiene la ventana del coro, rematando en un semicírculo, todo enmarcado por pilastras de sección circular.
