El poblado de Yatzachi el Bajo en el distrito de Villa Alta se creó como un barrio de Yatzachi el Alto, pero con motivo de una desavenencia que tuvieron, se hizo independiente. Sus títulos de propiedad están agregados a Yatzachi el Alto y fueron expedidos por D. Francisco de Venezuela y Venegas, juez privativo de composiciones de tierras y aguas el 24 de diciembre de 1717. Las condiciones del emplazamiento son sin duda muy semejantes a las del momento de su construcción, pues el terreno que rodea al inmueble no tiene construcción alguna, lo cual permite reconocer la escala del templo desde cualquier ángulo. No existe un atrio perfectamente configurado, pero hay una pequeña plaza al lado poniente del edificio, en la zona del sexto hacia las cubiertas a veces de atrio. El templo es una sola nave, dividida en cuatro tramos y presbiterio, construido con piedra y mampostería. La cubierta es un sistema de bóvedas construidas con tabique de barro rojo recocido, donde destacan la bóveda que cubre el coro y la bóveda que cubre el transepto por su forma esférica, mientras que en el resto tiene una bóveda de cañón corrido.
En el externo sur-oriente se adosa a la nave una sacristía construida con el mismo material que en el resto del edificio. En la portada principal, el vano de acceso se forma por un arco de medio punto con moldura, soportado por impostas y jambas, enmarcado por un par de pilastras con pedestal al lado de la puerta. En la parte superior, el segundo cuerpo que aloja la ventana abocinada que da la luz al coro es de forma octagonal y tiene a cada lado un par de pilastras empotradas que responden a las inferiores del cuerpo bajo. Cada uno de los cuerpos está delimitado por cornisas molduradas. El remate cuenta con tres nichos en línea y uno más en la parte más alta, adornado con pináculos.
Las torres muestran los materiales de construcción, mientras que el resto de la fachada tiene un aplanado de mortero con pintura a la cal. Sobre ambas torres se desplazan los campanarios de un solo cuerpo con vanos cerrados, con arcos de medio punto apoyando sus impostas en las cuatro caras. El remate de los campanarios es con una cornisa moldurada y su cubierta es una bóveda esférica. El campanario norte tuvo una fuerte intervención en el año de 1996. El templo ha tenido varias intervenciones a lo largo de su historia; al mismo tiempo, los accidentes han modificado sustancialmente el aspecto del interior del edificio, el último se registró en 1997 cuando un incendio devoró todos los retablos y muebles que contenía el templo.
