San Antón fue un antiguo barrio prehispánico cuyo nombre original todavía no se conoce. En la época colonial vino a formar parte de los barrios relacionados por la traza urbana a través del camino que cruzaba Cuernavaca de oriente a poniente y a cuya orilla se emplazaron el Palacio de Cortés, el monasterio franciscano de la Asunción y la plaza principal, y después la misma capilla de San Antonio.
Es una construcción del siglo XVI cuya capilla de indios fue más tarde cerrada con un aumento que vino a formar la nave, convirtiendo la capilla en un recinto cerrado. Lo que conocemos es de un estilo del llamado barroco popular regional, muy sencillo, conservando así las características de la arquitectura del siglo XVI, con sus fuertes influencias románicas.
La fachada está formada por una entrada con arco de medio punto, sostenido por dos jambas e impostas, sobre las cuales arranca una moldura que corona la puerta y, sobre esta, un pequeño frontón cortado que apenas sobresale del plano de la fachada. Sobre la portada y el eje principal de la entrada se encuentra la ventana del coro, de forma rectangular, con derrame hacia afuera. El remate de la fachada es una espadaña con dos vanos de arco rebajados y, en la parte superior, una cruz latina. La torre se encuentra del lado izquierdo, adosada al templo, y está formada por base y un solo cuerpo. La base remata en una cornisa con dentellones y el campanario, de forma octagonal, descansa sobre un tambor; en sus esquinas se levantan un par de medias columnas, rematadas por un cornisamiento muy elaborado, con molduras y dentellones. Sus vanos son de forma alargada, con arcos de medio punto y con impostas muy marcadas.
La bóveda es de cañón corrido. Recorren la parte superior de los muros laterales varias cornisas. La sacristía se encuentra atrás de la torre. El templo está conformado por nave, torre y sacristía. El coro es de pequeñas dimensiones. El templo está delimitado por un pequeño atrio.
