El barrio de Acapantzingo era el asiento de la nobleza de Cuernavaca a la llegada de los españoles; en sus huertas se hospedan los vencedores después de haber dominado a los guerreros mexicas locales. Entre el barrio de Acapantzingo y el de Chapultepec surgen conflictos, y los de este barrio se quedan con el "Santo Patrón San Miguel", mientras los de Chapultepec toman a San Juan como patrono.
La capilla es una construcción del siglo XVI con diversos aumentos; en uno de ellos se construye la torre y, cuando se hace el siguiente aumento, queda atrás de la fachada. Tiene un estilo que muestra una fachada del barroco popular regional, pero conserva las características del románico del siglo XVI.
La sencillez predomina en la fachada de este templo. Su acceso presenta un arco de medio punto sostenido por jambas y, en las juntas, se puede observar un motivo floral en relieve. Sobre la entrada se halla un pequeño frontón recto con un remate en forma de jarrón a cada lado. Más arriba se localiza la ventana del coro, de forma rectangular con derrame hacia afuera. El remate de la fachada es mixtilíneo. Del lado izquierdo de la fachada del templo se encuentra remetida la torre, la cual está formada por una base y dos cuerpos, con un pináculo en cada uno de sus ángulos y un remate de cupulín con linternilla. La sacristía se localiza al lado izquierdo de la nave. La bóveda es de cañón corrido, en la cual se le abrió posteriormente un hueco para iluminar la nave. Por el extradós de la bóveda se localiza una linternilla para iluminar el interior.
En el cambio de piso de la nave se tuvo una falla en los niveles, quedando un escalón por debajo del nivel original.
