Pajacuarán es un pueblo proveniente de la época prehispánica; su nombre deriva de la lengua chichimeca y significa “hongo”, por lo que se traduce como “lugar de hongos”. Fue fundado por chichimecas, habitado por mexicas y, posteriormente, sometido al señorío tarasco. Durante la conquista, sus habitantes fueron dominados por las fuerzas del virrey don Antonio de Mendoza, al mando de Nuño de Guzmán.
Cerca del lugar se encuentra un cerro desde el cual los españoles vieron por primera vez la laguna de Chapala en el año de 1530. Este hecho estimuló más su ambición para continuar la conquista de la Nueva Galicia (Jalisco). La evangelización la llevó a cabo fray Juan de Badías, quien nombró al pueblo San Cristóbal Paxacuarán.
Durante la época colonial contó con alcaldía mayor y corregimiento tributario. En 1822 es curato, cuenta con ayuntamiento y posee varias islas en el lago que forman parte de sus bienes de comunidad. Sus habitantes se dedican a la cría de ganado y a la agricultura, produciendo maíz y frijol.
Manuel Rivera Cambas, en su libro “México pintoresco, artístico y monumental”, menciona lo siguiente: “La parroquia, muy antigua, está dedicada a San Cristóbal y ha sido renovada estos últimos años... En las inmediaciones de ese cerro se hicieron fuertes los indios contra el gobierno español el año 1541, cuando se opusieron a la expedición que llevaba don Antonio de Mendoza contra las fortalezas de Nochistlán y del Mixtón”.
Según el expediente 18028 de la Dirección General del Patrimonio Inmobiliario Federal, se informa que el actual templo fue construido a principios de 1873, con la dirección del presbítero don Juan de Dios Porto, terminándose con advocación a San Cristóbal el 26 de septiembre de 1873. Consta de curato, atrio, dos capillas, sacristía y bautisterio. En 1936 se hace la entrega de los cuartos anexos al sacerdote encargado del templo. Fue nacionalizado en Morelia el 1.º de octubre de 1897. Según el oficio del 13 de julio de 1945, lo describe como una construcción en piedra, con piso de madera, techo de bóvedas, anexos con piso de tierra o ladrillo, techos de teja, dos torres (una en construcción y la otra terminada).
En 1947 se derrumbó la torre en construcción por falta de cuidado en la fabricación. A raíz del derrumbe, se pidió su visto bueno a un ingeniero de Guadalajara, quien aseguró que no se requería tirar la nave del templo por no tener daño alguno. Finalmente, se autorizó por parte del gobierno el uso del templo bajo la responsabilidad del sacerdote.
El inmueble tiene al frente un pequeño atrio, delimitado por una barda que soporta una herrería de manufactura reciente; al centro presenta una portada atrial. La fachada principal presenta al descubierto su fábrica de cal y canto, en la que se muestran las etapas de construcción. Tiene a los extremos dos torres con basamento y, al centro, la portada principal, compuesta de dos cuerpos. El primero presenta el vano de acceso con arco de medio punto, ornamentado con el cordón franciscano entre dos molduras; este se apoya sobre impostas sostenidas por jambas. A los extremos, pares de columnas con capitel tipo toscano, apoyadas sobre un estilóbato entablerado en un segundo plano, flanquean a estas columnas medias muestras tritóstilas, también con capitel tipo toscano, sobre los que se apoya un entablamento que sostiene un frontón triangular, en cuyo tímpano tiene un arco rebajado. En el segundo cuerpo se encuentra la ventana coral con tres arcos de medio punto, el central de mayor tamaño, enmarcados por un arco rebajado a manera de encasamento; a los extremos y sobre un estilóbato se levantan pares de columnas con capitel jónico, donde se apoya una sección de entablamento y cornisa, sobre la que se desplantan bases que sostienen un arco de medio punto con un remate mixtilíneo y, a los costados, en un segundo plano, pilastras que sostienen unos jarrones como remates.
Los basamentos de las torres están enmarcados con pilastras de tabique rojo, divididos en dos cuerpos por franjas de tabique rojo que sobresalen del paramento; al centro del primer cuerpo, una ventana rectangular y, en el segundo, un óculo. Las torres son de planta ochavada y se componen de dos cuerpos: en el primero tiene un vano de medio punto con marco de cantera por cada cara, dos de ellos albergan campanas, cumpliendo así la función de campanarios; a los extremos y en el ochavo sobresale un estilóbato en el que se desplantan pedestales que sostienen columnas de fuste liso y con capitel estilizado. Corona a este cuerpo un entablamento que, en los ochavos, sobresale para sostener un frontón triangular. El segundo cuerpo de la torre sur presenta óculos inscritos en el medio punto de un vano cegado; en este cuerpo se repite el concepto de los ochavos del primero, con la diferencia de los capiteles, que en este caso son compuestos, y en el segundo cuerpo de la torre norte los óculos fueron ocupados por relojes. Remata a cada torre un cupulín de forma piramidal, que se abre en la parte baja de sus caras principales para incrustar un arco de medio punto; sirve de apoyo a dicho cupulín un pequeño tambor de planta ochavada, en cuyas caras principales presenta un óculo y, en los ochavos, un pequeño arbotante.
El interior del templo presenta planta de cruz latina con capillas anexas; está dividido en siete tramos por pilastras. La nave está cubierta por bóvedas vaídas con nervaduras separadas por arcos fajones; entre los arcos formeros de la nave se encuentran ventanas con arco rebajado.
En el primer tramo se localiza el coro, apoyado sobre bóveda de tres centros que cubre al sotocoro, en el que se localizan a los extremos las capillas que forman parte de los basamentos de las torres. En el segundo tramo de la nave se encuentran los accesos a las capillas anexas, ambas cubiertas por pequeñas cúpulas. En el siguiente entre eje, del lado de la epístola, existe un acceso lateral; en el sexto tramo se forma el crucero, donde se levanta la cúpula apoyada sobre un tambor de planta octagonal con ventanas en ajimez; en la cúspide de la cúpula se localiza una linternilla con vanos de medio punto. Los brazos del crucero están cubiertos por bóvedas de cañón con lunetos ornamentados con nervaduras de cantera; en los arcos que forman los lunetos se localizan vanos de medio punto que se integran a la decoración con marcos de cantera. En el último tramo de la nave se encuentra el presbiterio.
