Los Dieguinos, orden de los frailes descalzos de San Francisco, de la más estricta observancia, que también se llamaron del Perdón, llegaron a México en las postrimerías del siglo XVI, viniendo de comisario el doctor Fray Miguel Talavera. Estos señores fueron los que entraron en pláticas con el piadoso y acaudalado caballero don Mateo Mauleón para hacer la fundación de su convento a principios del siglo XVII, junto al tianguis de San Hipólito.
El patronazgo se heredó y, dada la peculiar circunstancia de haber sido propiedad particular de los patrones, se heredó también el convento.
En San Diego se hacía una ceremonia cada año en la que los patronos recibían las llaves del convento y éstos, simbólicamente, se las devolvían a los frailes. El patronazgo llegó a ser de los condes del Valle de Orizaba y el último conde -aquél que acompañó a la emperatriz Carlota a Roma- se lo escrituró a su primo Andrés Davis, hijo de un inglés y de la última maríscala de Casulla. Este presbítero decidió fraccionar la propiedad, temeroso de ser castigado por el gobierno. A partir de 1867 puso a la venta los lotes que formaban la huerta, el noviciado y el convento.
La iglesia, muy sobria por fuera a mediados del siglo XVIII, fue reedificada en 1778; en ese año se hizo la capilla de los Dolores y el templo pudo lucir dos bellas cúpulas.
A mediados del siglo XIX se volvió a renovar el exterior y se impuso el clasicismo; existen una litografía y una acuarela, realizadas en 1847 y 1850 respectivamente, en las cuales aparece la antigua barda atrial y los ojos de buey de las ventanas de la mencionada capilla. Así, el templo llegó recién renovado a los años de la Reforma.
Los retablos del interior desaparecieron al llevarse a cabo las obras citadas. Sin embargo, el convento fue rico en pinturas y libros. Sobre la arquitectura de lo que fue la iglesia, Lauro Rosell en su libro Iglesias y Conventos de México nos cita que "La arquitectura de la fachada del templo no es atrayente, en cambio, su interior es muy bello; en él se halla la notable capilla de la Virgen de los Dolores, ornamentada con tanta riqueza como refinado buen gusto, admirándose 15 magníficos lienzos del renombrado Vallejo, sobresaliendo la Exposición del Cuerpo de Cristo, la Cena y la Oración del Huerto. El altar mayor -continúa Rossell-, el tabernáculo, y en las pechinas las figuras de los cuatro Evangelistas, son cosas que llaman la atención. Entre los religiosos célebres que pertenecieron a esta orden figuran: San Felipe de Jesús, protomártir mexicano; Fr. Vicente de San José, quemado en el Japón en 1622, y el famosísimo predicador que fue obispo de Linares, doctor don José María de Jesús Belauzarán y Ureña".
En el año de 1861 fue cerrada la iglesia por orden gubernativa, abriéndose poco después, en atención a que era propiedad particular, lotes en los que se construyeron casas particulares, abriéndose las calles de Colón y Balderas. El espacioso atrio también corrió la misma suerte, quedando de él solamente escasa superficie, abandonada y de no buen aspecto.
En alguna parte del edificio -según Guillermo Tovar y de Teresa- existía el entierro de los condes del Valle de Orizaba el cual era de magníficos azulejos adornados con los escudos de esa familia. Cuando esta parte del antiguo convento desapareció, se llevaron los azulejos a la casa de los condes del Valle de Orizaba y se pusieron en la escalera.
El mismo Tovar y de Teresa escribe en su libro "La Ciudad de los Palacios, Crónica de un Patrimonio Perdido", que Bernardo Couto menciona haber visto en ese convento un San Antonio de Padua con el Niño, de Luis Juárez, fechado en 1610; lo recogió para la Academia de San Carlos, pero desapareció, pues en la Pinacoteca Virreinal, integrada con el acervo de pintura novohispana que pertenecía al de la Academia y dispuesta precisamente en San Diego, no se encuentra.
