El origen de la ciudad de Chihuahua está íntimamente relacionado con la actividad misional de los franciscanos y de los jesuitas, muy especialmente de los primeros, que desde su casa de Zacatecas prepararon el camino hacia el norte. En el siglo XVI se asentaron en la Custodia de San Bartolomé (luego Valle de Allende) y desde allí salían para cumplir su tarea misional hacia el norte.
En el siglo XVII, después de mucho tiempo en que la Nueva Vizcaya fue zona de paso, se fundó la Conversión del Nombre de Dios en los límites de la actual ciudad de Chihuahua.
En 1709, cuando se fundó el Real de San Francisco de Cuéllar (Chihuahua), los franciscanos se vieron obligados a ceder Nombre de Dios al clero diocesano. Obtuvieron luego permiso para fundar un hospicio para la atención de los indígenas (en 1715). Sin embargo, no fue hasta 1717, cuando se declaró a San Francisco de Asís patrono del Real, que los franciscanos comenzaron la construcción de su nuevo convento.
Quien inició la construcción fue fray Miguel Nájera en 1717 y se dio por terminada en 1741. En cuanto a su exterior, se hace evidente que parte de la decoración interior que aún subsiste es de fines del siglo XVIII.
La iglesia de San Francisco es lo que queda del volumen conventual, pues por la parte de atrás hay todavía algunas oficinas que rodean a un claustro pequeño y moderno, y hacia el oriente fue perdiendo con el tiempo el resto de la manzana que constituía todo el predio.
El gran volumen blanco se destaca del medio urbano en el que está inserto. Es un volumen casi cúbico, con algunos entrantes y salientes, como la torre y la cúpula que corona el crucero.
