La orden franciscana fue la primera en llegar a territorio michoacano. El primer evangelizador y uno de los primeros doce, fray Martín de Jesús o de la Coruña, realizó la construcción del conjunto conventual, que fue trasladado de su lugar original al sitio que hoy ocupa. Según la crónica franciscana, es el quinto de la provincia, aunque se desconoce la fecha de construcción. Durante la visita del padre Ponce aún no estaba concluido: “…tenía hecho un cuarto de cal y canto y laja e íbase haciendo la iglesia… Moraban en él tres religiosos…”, nos dice Antonio de Ciudad Real. Es probable que se haya terminado en 1576, ya que esta fecha aparece en uno de los muros del edificio.
Toussaint nos dice que el solar original tenía 365 varas de largo y, como era tradicional en la orden, contaba con cementerio y huerto, con el que solucionaban sus problemas de subsistencia. La llegada de don Vasco y la organización de la traza para hacer del pueblo la ciudad principal del territorio de la diócesis dejó al convento a cargo de un solo barrio, y la mayoría de los pueblos que tenían bajo su doctrina les fueron quitados y repartidos entre los curas diocesanos y los frailes agustinos, dejándoles únicamente San Francisco, Ihuatzio, Tócuaro y Nocutzepo.
El conjunto se ubica en una esquina, con claros indicios de haber perdido gran parte del predio al regularizarse la traza. La nave oriente-poniente tiene el claustro al lado sur, con la Huatapera y la capilla de la Tercera Orden hacia el oeste, atrio de por medio. Curiosamente, la calle corre paralela a la nave y hace esquina atrás del ábside, quedando el huerto amputado por una calle de trazo diagonal, lo que indica que el edificio franciscano fue anterior a la traza.
El atrio es reducido y conserva la cruz atrial, desplantada de una base octagonal, con brazos y cuerpo cilíndricos que muestran los símbolos de la Pasión, con la corona de espinas en el crucero y el extremo de los brazos foliados. El acceso norte es más antiguo, con una portada de fuertes pilastras planas corintias y arco de medio punto dovelado bajo un friso en saledizo; la del oriente es claramente neoclásica, a base de arco en medio punto de jambas angostas y pilastras planas escalonadas decoradas a la altura de la imposta con medias esferas. El entablamento moldurado es de tablero liso y se remata con frontón de paramentos curvos con almenas esféricas flanqueándolo.
La fachada es de dos cuerpos y tres calles. La calle central, en planta baja, enmarca el acceso de medio punto con imposta y jambas acanaladas, de enjutas decoradas con motivos vegetales; se flanquea de dobles columnas corintias de basa corrida, dividida por tableros rematados por una repisa cuya moldura se desplaza a todo lo largo del paramento. Las calles laterales presentan dos nichos vacíos, ornamentados con guirnaldas de laurel y encino, a cuyos extremos están las columnas también corintias, que junto con las centrales soportan un entablamento de friso de lacería y guirnaldas vegetales, sobre el cual dos molduras curvas que surgen de roleos conforman un falso imafronte con una talla inconclusa que surge de la clave de la puerta, que debió estar provista con el escudo de la orden. Sobre ella se encuentra la ventana cural de dintel escarzano, precedida por un balcón abalaustrado de piedra, flanqueado por cuatro pilastras de fuste estriado y capitel corintio, se enmarca por dos segmentos de frontón curvo y una cruz de cantera al centro. La portada está labrada en cantera rosa y resalta sobre el paramento encalado del segundo cuerpo, donde se observa el aumento de nivel para hacerla más alta.
Se conserva en el confesionario una pintura mural de San Francisco con tres personajes. Los retablos virreinales cedieron su sitio a altares neoclásicos construidos por Longinos y Antonio Ríos en 1888; el principal fue sustituido por un ciprés que alberga el Cristo de la Tercera Orden, que estuvo inicialmente en el Calvario. Al muro sur se ubica el altar del Sagrado Corazón con Jesús y María; el del muro opuesto tiene a san Antonio de Padua y dos santos coronados con capa de armiño que datan de principios de siglo.
El claustro se ubica al sur de la nave y muestra los vestigios de la portería, embutidos en el muro de un local que funge como aula, consistentes en dos arcos de medio punto apoyados en los extremos sobre columnas octagonales y al centro por una tipo candelero de franca tendencia renacentista. Las crujías rodean el patio central de planta cuadrada en sus extremos oriente, poniente y sur, mediante un pasillo porticado que se conforma de cuatro arcadas de medio punto por lado, apoyadas en columnas octagonales de cantera con molduras en basa y capitel. El segundo nivel es más reciente, posiblemente data del siglo XIX, y se apoya en columnas circulares sobre basas que sostienen gualdras y zapatas en las que descargan las vigas y la techumbre a dos aguas del tapanco.
Las crujías, alteradas para adaptarse a usos modernos, conservan aún la planimetría del siglo XVI. Se conservan algunos elementos que permiten restituir la primera etapa de las adaptaciones del siglo XIX, como son las ventanas de arcos conopiales y la portada del corredor de planta alta con pilastras corintias y arco de medio punto con cardina y molduras, similar al de la portada ubicada al oriente y que es actualmente el acceso principal al claustro. Este paramento muestra claramente la división en dos etapas constructivas, separadas por una moldura de cantera. El primer nivel de mampostería conserva el acceso a que nos referimos, de amplias jambas acanaladas sobre basas molduradas de fuste corintio, que soportan un arco de grandes dovelas decoradas con tres medallones circulares unidos por una cardina con letras doradas: ADM y Q77, a ambos lados del medallón central que luce las siglas IHS enmarcadas con doble moldura, con vestigios de un alfiz. En la planta alta vemos vanos del siglo XIX con balcones de cantera en saledizo y herrería de forja.
La intervención del siglo XX, en la década de los sesenta, fue la más agresiva, destruyendo los aplanados originales y los pisos de madera y barro, sustituyéndolos por cemento y mosaico, alterándose las reparaciones hechas en 1867, cuando el convento quedó ruinoso después de la guerra intervencionista. La reconstrucción logró hacerse con ayuda de los fieles y la dirección de fray Buenaventura Chávez en 1905, siendo sede de los hermanos de la orden hasta 1915, año en que fue cambiado de uso para convertirse en escuela, vecindad y, actualmente, en asilo de niñas dirigido por las madres josefinas.
La torre data del siglo pasado es de mampostería, de un solo cuerpo sobre un macizo cúbico recubierto de aplanado, fechado en 1732. El cuerpo alto apoya en una sencilla cornisa y se horada en sus cuatro caras por los vanos pares del campanario, separados por un pilar central de fuste tablerado. Se bordea por una moldura superior al pie del alero, formada por teja y fajilla sobre vigas de madera. Data del siglo pasado. En el interior está una capilla cubierta con bóveda de arista y una ventana para iluminarla; en el paramento norte se ubica la puerta porcíncula, de arco en medio punto con intradós de cordón y grandes dovelas de cantera gris sobre jambas cuya dimensión indica datar desde el siglo XVI. de las impostas surge un alfiz de doble moldura en media canal ancho, con cantera rosa, que adquiere importancia por la escalinata que tiene al frente.
La nave es de un solo cuerpo, con ábside poligonal, siguiendo la proporción de las primitivas construcciones basadas en la casa de Asís. Se divide mediante pilastras en los muros laterales, hechas en concreto armado chapeado en cantera, que al igual que el techo fueron construidas en una inadecuada restauración efectuada entre 1955 y 1967, siendo bendecido por fray Felipe de Jesús Cueto, miembro de la orden en su calidad de obispo de Tlanepantla. La intervención incluyó el piso de mosaico.
La techumbre, diseñada en pirámide trunca, se inspiró en el artesonado de madera que tenía antes de 1867, año en que el fuego originado por la lucha entre imperialistas y republicanos en la guerra intervencionista lo destruyó totalmente, aunque no fue el único siniestro acaecido, ya que en 1835 se tuvo que restaurar porque se había destruido el artesonado, los altares y el órgano. La crónica nos dice que se hicieron de nuevo: la pared que había colapsado, las puertas, la cubierta, el piso del coro y el entablado del piso; “…Hasta la imagen de Nuestro Señor Crucificado que antes estaba colocada en el antepecho del coro y que se hizo menudísimas piezas…” Para restituirlo, se hizo otra imagen “…más grande, más bella, bien tratada y devota…” que donó una bienhechora; los retablos se rearmaron y se reparó el órgano.
No fue la última reparación de importancia, ya que en 1789 se techó de teja y se repuso la viguería, eliminándose el artesonado para sustituirse por una bóveda de madera con yeso.
En este siglo la agresión fue mayor: se construyó una losa de concreto que se apoya en seis arcos fajones rebajados y el presbiterio se abre en gajos hechos formando planos angulares para adaptarse al polígono del ábside, de mayor altura que la cubierta de la nave. El coro, a los pies de la iglesia, se apoya en un arco escarzano sobre ménsulas de cantera, con piso de bóveda catalana en el sotocoro. El paramento sur de la nave conserva aún uno de los confesionarios intramuros que comunica al claustro. Los muros, aplanados tanto al interior como al exterior, están pintados con vinílica.
En el ábside está Cristo del Calvario, conocido como de la ¨Tercera Orden¨.
