La antigua localidad del Coecillo fue una de las dos que se fundaron para el asentamiento de los indígenas de la zona. Ésta se situó a varias leguas al oeste del centro de población de españoles blancos de la Villa de León -río de los Gómez de por medio-. Este antiguo pueblo se vio inmerso en el crecimiento urbano de la ciudad, desde los finales del siglo XIX, a tal grado que en la actualidad se ha convertido en un barrio más de la ciudad, que no obstante, conserva algo de su antigua identidad.
Maricruz Labarthe en su obra León entre dos Inundaciones (Guanajuato, 1997) nos refiere que en el pueblo del Coecillo "se construyó a mediados del siglo XIX una iglesia dedicada a San Francisco de Asís, la que tuvo que ser reconstruida en 1886 con la intervención del Ayuntamiento, que exigió su reparación en vista del mal estado de la construcción.
"Un nuevo altar mayor se le dio en 1903 y dejó de estar atendido por los clérigos de la parroquia de San Juan al ser entregado desde 1913 a los religiosos franciscanos, quienes construyeron una casa anexa, la dotaron de imágenes como la de San Luis, rey de Francia, y San Buenaventura; le reconstruyeron un nuevo frontis en el que se colocó un reloj; terminaron las torres; y acondicionaron el atrio en obras que se realizaron en fechas inmediatas a 1920."
Esta última información se confirma por una placa de cantera que se colocó en el antepecho de la ventana coral que dice: SE CONSTRUYO ESTA // FACHADA, TORRES, CASA HABITACION // Y COLOCACION DEL RELOJ EN 1922 // FR. BUENAVENTURA M. CHAVEZ".
En resumen, la capilla original existió desde la mitad del siglo XIX, y muy posiblemente poseía la misma estructura básica del actual inmueble, la que fue importantemente reformada con la llegada de los franciscanos entre los años 1913-22.
El centro del partido arquitectónico está formado por la cruz latina de la nave del templo, que se estructura en cuatro tramos, crucero y presbiterio. Sobre el costado de la epístola se dispuso un desahogado claustro cuadrangular, porticado al interior y con una sola crujía de habitaciones que le circunda, cuyo muro de fachada es colineal al de la principal del templo. Frente a ambos se dispuso un espacioso atrio que se abre al Jardín de los Héroes.
La fachada principal del inmueble se organiza por el frontis de la iglesia, en el que se destacan las dos altas torres de un solo cuerpo y un remate, que flaquean el acceso principal del recinto. Del mismo modo la composición general se complementa por la larga fachada de un solo nivel que se ubica sobre el costado derecho y que corresponde a los espacios del claustro.
