El convento de San Francisco de la ciudad de Guadalajara fue uno de los grandes conventos de la orden en el occidente de México. Como puede verse en algunas reconstrucciones de su planta original, siguiendo el modelo de México, estaba formado por la iglesia, el convento y numerosas capillas, dependencias y huerto. Lamentablemente, de todo este complejo solamente quedan en pie la iglesia, con una ínfima parte de dependencias, y la capilla de Aranzazú, ambas construcciones separadas por una avenida.
La iglesia de San Francisco, de una sola nave y con una capilla adosada, la de San Antonio, no es de fácil análisis porque hay evidencias de intervenciones de distintas épocas y no se ha realizado aún un estudio sobre el conjunto. de frente a la fachada de esta iglesia se desprende visualmente de la misma el cubo de la torre, que se distingue por no tener aplanado. Desde allí, dos contrafuertes enmarcan el gran arco de medio punto, dentro del cual se desarrolla todo el programa de la fachada, organizada a manera de retablo en dos cuerpos y remate, y tres calles. El tipo de soporte utilizado es la columna salomónica, cuyos anillos están remarcados por follaje; en cambio, los del remate están formados por vides. Los espacios que se forman entre las columnas en el primer cuerpo muestran un rehundimiento de cierta profundidad, donde se colocaron esculturas. Los intercolumnios del segundo cuerpo se utilizaron para hacer nichos conchiformes con imágenes de bulto de cantera.
Casi toda la fachada está cubierta, además, por una fina ornamentación de lacería entrecruzada que refuerza la sensación visual de movilidad de la fachada, aunque en realidad esta se da más en superficie que en profundidad. En el remate hay un nicho con la imagen de la Inmaculada Concepción, la gran devoción de la orden. El nicho está limitado por una fina lacería, entre la que se destaca el escudo de la orden. El remate total es la cruz de Jerusalén. La imagen de la Virgen aparece de pie sobre querubines, con las dos manos unidas frente al pecho y el manto recogido lateralmente en uno de sus brazos.
Uno de los laterales, que expone su mampostería, revela que la arquitectura ha sufrido un proceso de deterioro, así como la torre, cuyo cubo está dividido en dos niveles. de la misma manera, el cuerpo tiene otros dos niveles marcados por cornisas y también por la forma, ya que el último nivel de la torre tiene planta poligonal, mientras el primero es cuadrado, con doble vano de cada lado.
La portada lateral, que enfrenta casi a la lateral de Aranzazú, es un simple vano rectangular, encima del cual se ve un nicho con la imagen de la Virgen custodiada por dos ángeles. Sobre cada uno de ellos, unas simétricas flores intentan dar remate a esta curiosa portada, cuya ejecución resulta visiblemente inferior a la principal, tanto en las proporciones de las figuras como en la calidad del trabajo de la cantera. No obstante, como observación general, se hace evidente que la construcción, es decir, el oficio de los constructores, tenía mejor nivel que el de los escultores.
Al lado de esta portadilla lateral sobrevive un nicho vacío que quizá formara parte de un vía crucis que se extendiera por todo el conjunto conventual, tal como sucedía en la ciudad de México.
El interior de la iglesia es tan rico y abundante en el uso de la cantera como la mayoría de las iglesias de Guadalajara. El coro es amplio, ocupa un tramo completo y su cerramiento es distinto al del resto de la nave de la iglesia. En el sotocoro, en cada enjuta, hay una concha con la figura de un fraile.
La cubierta de la nave es un sistema de bóveda vaída con lunetos y ventanas por donde se ilumina la iglesia.
La cúpula oval está sostenida por un sistema de pechinas, con tambor poligonal con ventanas y una bóveda peraltada con nervaduras.
La cubierta del presbiterio tiene otro diseño, pues, si bien es también una bóveda del mismo tipo con lunetos, tiene un diseño de casetones poligonales que forman estrellas, como simulando una lacería mudéjar.
En el segundo tramo de la nave se abre una gran portada que señala el ingreso a la capilla de San Antonio. El diseño de la portada está en relación con la de la fachada principal, porque está organizada a partir de un medio punto, un primer cuerpo con un gran arco de ingreso y un remate formado por un nicho vacío, para que seguramente alojó una imagen del santo titular.
La capilla, de una sola nave, se ilumina por medio de una cúpula sobre tambor con ventana y linternilla.
