Ubicada en la parte más alta -topográficamente hablando- de la localidad y el acceso atrial, tiene un arco de medio punto sostenido por impostas, recientemente remozado.
De fachada muy sencilla, el ingreso principal al templo es bajo un arco de medio punto con entablamento -friso, cornisa y capitel- y un nicho en la parte superior. El remate de la fachada es curvo, con moldura sencilla. A cada lado de la portada se encuentran dos nichos de forma rectangular.
Sobre el lado izquierdo esta la torre formada por la base y dos cuerpos de diferentes proporciones y planta cuadrada con un vano de medio punto en cada cara, con molduras intermedias como decoración y la cornisa al final con pináculos en cada esquina. Remata con cupulín semiesférico y la cruz.
La sacristia, de construcción reciente se localiza adosada a la parte posterior del costado izquierdo, a la altura del presbiterio. De planta rectangular y techo con losa plana de concreto armado.
La planta de la nave es rectangular y cubierta con bóveda de cañón, soportada por arcos fajones, hasta la planta en que se levanta la cupula poligonal sobre tambor con iluminación cenital y remate con linternilla y cupulín.
Sobre cada costado se encuentran los contrafuertes achaparrados y el acceso lateral derecho.
En 1587, por el predominio de los dominicos, se dejaron de explotar las minas de oro por parte de Alonso Díaz. Esto sugiere que la iglesia-visita de Huautla ya existia a fines del siglo XVI cuando los dominicos se apoderaron del monasterio de Tlaquiltenango y por ello la dedicación a San Francisco de Asis. El desarrollo de la industria del azúcar distra la atención de la frustración europea por el oro y Huautla volvio a surgir hacia el siglo XVIII pero conservando la dependencia de la parroquia de Tlaquiltenango.
