La fundación de un convento de San Francisco en la incipiente Villa de Zamora de 1580, se encontró con la resistencia de la orden agustina asentada en la cercana población de Jacona que mostró desde un principio rechazo al establecimiento de la orden en la nueva ciudad, pese al recibimiento favorable del secular, entonces representado por el cura Beneficiado D. Alonso de la Palma que regaló el ornamento que entonces se guardaba en la iglesia al guardián de los franciscanos, que les ayudó a construir una iglesia provisional de madera en el solar que les dio el mismo cura, en agradecimiento a haberle dado ayuda cuando estuvo enfermo.
El prior franciscano proveniente de Valladolid, fray Jerónimo de las Cuevas; el guardián de Pátzcuaro; fray Antonio de Linán de Peribán, fray Diego de Fuenllana, junto con un reducido número de frailes se ubicaron en una casa que les fue donada por la viuda de Pedro Hernández de Arenas.
La fundación de la casa franciscana fue rechazada por el cura beneficiado ante la presión de los agustinos avecindados en la ciudad, llegando al grado de que fray de Serpa, provincial de la orden fuera hasta Zamora a tratar de resolver el conflicto. El representante del Obispado de Valladolid, el canónigo Lic. Alonso Ruíz, ordenó al vecindario no apoyar a los descalzos ordenándoles no hacer aportaciones para la obra salvo pena de excomunión, misma que sería levantada por el Obispo de Michoacán, a solicitud del maestrescuela de la Catedral de México el Dr. Sancho Sánchez de Muñón.
La fundación del convento no pudo lograrse, y en 1719 los franciscanos tramitaron licencia para abrir un hospital que estaría dirigido por los miembros de la Tercera Orden, recibiendo la aprobación del Obispo en la que se autorizaba la Capilla de la Tercera Orden con casa anexa para los religiosos, autorizando la advocación de San Francisco. A cargo del dicho hospital quedaron dos frailes que fueron muy bien recibidos en la población, ganándose el favor de la gente que apoyaría mediante una reunión de cabildo que se erigiese el convento y la iglesia correspondiente, comprometiéndose a apoyar el vecindario para edificarlo a sus costas. Esta propuesta fue denegada por el virrey.
En 1728 se inició concluyéndose en 1735 en que se dedicó la iglesia y en su curato un hospicio que no había sido autorizado por el gobierno civil. En 1769 se daban clases de filosofía y gramática, todo financiado con recursos del hospicio a fin de que se educara esmeradamente a los huérfanos de buenas familias de la Villa. La finca se edificó en adobe y piedra y techumbres de madera y en la casa de tal amplitud que podrían vivir hasta 12 religiosos. Hasta 1791 se obtuvo la Real Cédula que autorizaba la fundación del convento que se ubicaría en toda una manzana ubicada al pie de la Calle Real; mismo que se construyó con todos sus servicios gracias a las aportaciones de los vecinos.
Poco duraría esta obra en funciones, ya que en 1804 se enajenarían los bienes eclesiásticos para el préstamo forzoso requerido por el rey de España, Carlos IV ante la repulsa de los terciarios y las capellanías que sostenían la obra de los franciscanos. En 1863 toda la obra se incendió y ante la represión del gobierno prereformista los frailes se retiraron de la villa quedando las ruinas expuestas a las reclamaciones de particulares que solicitaban se les enajenara la propiedad. Sería hasta principios del porfiriato cuando se autorizaría la reconstrucción del edificio que en 1881 estab a ocupado por invasores que se habían repartido las dos huertas y sembraban en ellas, adjudicándoseles a algunos de ellos la parcela que ocupaban.
En 1882 se concluiría la nueva iglesia y con una misa de celebración reabriría sus puertas el año 1884, fecha que se conmemora con una cartela que corona la clave del arco de acceso; los anexos se reconstruyeron dándoseles el uso a una parte de ellos a una escuela de artes y oficios. Pasado el porfiriato, la Secretaría de Hacienda registró el edificio como Bien Nacionalizado después de su clausura e intervención que duró desde 1926 a 1929 en que fue devuelto al Obispo Fulcheri quitándosele nuevamente en 1932 por funcionar el anexo como dormitorio para seminaristas. En 1943 se inició nuevamente el trámite para devolver el anexo.
La actual construcción queda ligeramente remetida de la calle por una plazuela enlosada que comparte con el Santuario de Guadalupe. El atrio fue modificado hace poco tiempo, estaba delimitado por un basamento corrido sobre el que se colocó una reja metálica soportada por pilastras en tramos de tres metros. El acceso atrial consistía en un vano apuntado flanqueado por pilastras con almenas apuntadas como remate.
La fachada es de un solo paño en medio del cual resalta la portada de cantera en la que destaca una cartela con la fecha 1884 en que se reiniciaron los oficios, el paramento avanza hacia el frente, creando en su parte inferior un pórtico de características muy zamoranas abocinándose hacia el frente al inclinarse las calles laterales, se flanquea por pilastras y columnas, que soportan un entablamento de friso florido con dentículos de francos resabios barrocos que sirve de marco a los arcos rebajados que conforman el acceso y se levanta para cerrar un frontón curvo; el segundo cuerpo al que se ingresa por el coro alberga la imagen en bulto de Jesús bajo una bóveda de arista que sirve de base al ático en donde está la cartela que conmemora la terminación de la actual iglesia, remata en un cuerpo formado por columnillas y vanos de medio punto, que remata en un elemento piramidal con una peana carente de cruz.
La torre se ubica en la esquina norponiente de la nave, al frente se observa una escalinata que desemboca en una puerta de lámina mediante la cual se ingresa al caracol que conduce al coro, el basamento inferior es cuadrado y presenta en la parte alta dos óculos de iluminación hechos en cantera del mismo tono que las piedras que refuerzan las esquinas que han quedado aparentes mientras los paños fueron aplanados y pintados de blanco. Un volumen ciego a la manera de entablamento sustenta los dos cuerpos de la nave, el primero es de planta cuadrada con vanos de medio punto de jambas y dovelas acanaladas con impostas, que se flanquean de pilastras estriadas que no llegan a tocar los falsos capiteles en los que apoya una cornisa en saledizo ornamentada con un frontón curvo.
El segundo cuerpo también es de vanos con arco de medio punto en cada una de sus caras, dos columnas los flanquean y ayudándose con una tercera que vuela hacia el exterior, sustentan el entablamento de diseño ecléctico, mezcla de gótico y barroco, que se extiende en una aguja apuntada con ánforas en las esquinas y una cruz en el vértice.
La nave es de planta rectangular con ábside plano, a la mitad de la misma se abren dos puertas, la del lado norte comunica hacia la calle y la del sur hacia los anexos. Un tercer vano a la altura del presbiterio conduce a la sacristía.
La portada norte es muy sencilla consiste en un vano de medio punto con impostas que se delimita con una cenefa moldurada, dos columnas de fuste liso sobre altas basas cuyo capitel jónico soporta un entablamento del mismo orden que se ornamenta con un frontón curvo. El interior fue modificado substancialmente, el plafón pintado se quitó dejando un aspecto distinto al original con que fue diseñada la iglesia, los paneles curvos que flanquean el altar principal se pintaron de blanco iluminándose las pinturas vegetales de ascendencia europea que decoraban el muro. La nave se divide mediante dobles pilastras de capitel corintio que soportan un entablamento corrido del mismo orden, sobre el cual se ubican vanos triples (el central más alto); como remate se encuentra un entablamento sobre el que se fijaba el plafón.
En los últimos años se remodeló la iglesia perdiendo el sabor apastelado que le confirió el decorado eclecticista, entre las pilastras aún se encuentran una serie de pinturas de escaso valor artístico. El piso es de mármol y sube hacia el presbiterio, en donde el altar se abocina hacia el frente a la manera de un ciprés conformado por tres calles separadas por columnas de capitel compuesto que soportan el entablamento con friso profusamente decorado con motivos florales y cornisa dentada sobre el que desplanta el segundo cuerpo de similar diseño, en el que la ornamentación se vuelve más cargada; en la calle central del cuerpo inferior se encuentra la imagen de San Francisco y en la superior un Cristo similar al de la iglesia de la misma orden que se encuentra en la ciudad de Pátzcuaro.
El remate está formado por un ático soportado en pilastras que siguen el eje de las columnas inferiores coronadas por ánforas neoclásicas, al centro del mismo se encuentra el escudo de la orden con las llagas de San Francisco. La cubierta es de envigado y fue restituida en 1974, después de desmontarse el nuevo plafón que había substituido al original en la intervención de 1958, época en que se cambiaron algunas vigas de la cubierta exterior que soporta el tejado.
