Franciscanos de Tehuacán visitaban el área de Teotitlán en la década de 1540 y emprendieron en ella la construcción de un convento en los últimos meses de 1559. San Francisco Huehuetlán fue doctrina separada desde 1600 hasta 1635, cuando fue anexada a Teotitlán; desde 1700 tuvo otra vez un cura residente. El templo que se conserva hasta nuestros días es de una planta cubierta a dos aguas, con estructura de madera y lámina. El presbiterio es más angosto que la nave, se encuentra sobre un podio y es de mayor altura. Tiene sendos campanarios sobre los contrafuertes que flanquean la portada. En su portada de paños lisos destaca el enmarcamiento de medio punto de acceso, flanqueado por medias muestras pareadas sobre altos basamentos y un nicho en cada intercolumnio. Remata con un frontón triangular con un óculo en el tímpano.
