En el siglo XVI, Huautlán era una comunidad semiautónoma en la que influía políticamente, al igual que a otros estados aledaños, la comunidad de Teotitlán.
Tanto Guautla como Nanaguaticpac fueron entregadas para su encomienda al conquistador Juan Navarro, sucedido a comienzos de la década de 1550 por una hija casada con Melchor de Castañón. Este último, vecino de Puebla, murió poco antes de 1580. En 1597, otro Melchor de Castañón aparece como encomendero de Guautla.
Para 1567, al mismo cura que se encargaba de Huautla le fue entregada la doctrina de San Miguel Teotitlán. San Juan Evangelista, en Huautla, se convirtió en doctrina secular en la década de 1570.
Guautla tenía en 1581 cinco sujetos en un radio de cuatro leguas.
El templo que se conserva hasta nuestros días ha sido modificado. Es de una nave con presbiterio sobre un podio, sacristía de reciente construcción y dos torres.
