Fundado entre 1530 y 1550 por la orden de los franciscanos, quienes dedicaron el templo primitivo, construido con techos de paja sobre muros de adobe, al fundador de la orden; fue visita de los conventos de Ucareo y Zinapécuaro durante toda la mitad del siglo de la evangelización. En 1571 era pueblo sujeto a Maravatío.
Durante las congregaciones del siglo XVI, en 1518, los representantes de indios de Epunguio comparecieron ante la República de indios como testigos de la división de tierras entre los naturales de Maravatío y el español Francisco Hernández de Ávila. Los representantes fueron: Pablo Chame y Mateo Yuatzi (alguaciles), y Jhoan Tariata (fiscal).
El pueblo terminó su congregación bajo cabecera de Irimbo el 25 de noviembre de 1598, día de Santa Catalina Mártir, en que se abandonó el poblado original en el paraje conocido como Epunguio el Viejo, en el cual no queda vestigio alguno de la primitiva fundación. La comunidad indígena de San Francisco Epunguio pronto fue acosada por sus colindantes, ansiosos de arrebatarles tierras; en 1712, la Hacienda del Rincón del Sapo reclamaba tierras y aguas, conflicto que se agravó en el siglo XVIII, ganando el pleito la hacienda. Otros litigios con Tarimoro, Carindapaz, Chupio y otros poblados, como Tzintzingareo y Áporo, también depredaron gran parte de su fundo legal.
En 1879 contaban con 509 naturales, profundamente creyentes; pese a las limitaciones de la práctica del culto público, continuaban practicando sus tradicionales actos religiosos. Las autoridades de Irimbo amenazaron a los representantes por su incumplimiento de las leyes de Reforma; a pesar de todo, en febrero de ese año, los cargueros de la Virgen y San Francisco de Asís consiguieron "autorización para que salgan las imágenes a las casas de todos los moradores de esa tenencia con el único objeto de colectar una limosna que ha sido costumbre desde inmemorial tiempo".
La capilla de Epunguio era atendida por el párroco de la cabecera de Irimbo, aunque en ocasiones los asistía el cura de Angangueo; el pueblo mejoraría su situación hasta el año de 1892, en que el jefe de tenencia Felipe González realizó mejoras en el pueblo, asignando a cada familia un número de adobes para bardear el cementerio, liberando así el atrio de la iglesia y el de la capilla. En 1928, el gobernador los dotó con 766 hectáreas en calidad de terrenos comunales.
Si bien la capilla sobrevivió a los azarosos años de la persecución religiosa, la Cristiada y el agrarismo, pese a que estuvo cerrada al culto, fue reabierta a raíz de la nueva tolerancia religiosa y, dadas sus pésimas condiciones, sufrió un número de inadecuadas intervenciones que terminaron por dañar de tal modo su estructura que los vecinos optaron por demolerla en 1977 y reconstruirla con materiales contemporáneos, a base de tabique y concreto armado.
El único elemento que se conserva en pie es la torre exenta, cambiándose asimismo la advocación de San Francisco por la de los Santos Reyes.
