Algunos dicen que Janitzio proviene del tarasco Xanichu, que significa “lugar donde llueve”, “lugar de pesca” ó “Xilote (cabello) de maíz”, Eduardo Ruíz dice que es “lugar donde cae agua al pie”. En la época prehispánica fue adoratorio lunar dedicado a Xaratanga, los objetos de plata y oro que se le ofrendaban fueron saqueados o arrojados al lago por los españoles. Los agustinos fundaron la iglesia y hospital que aún funcionaba en 1672 asistiendo a 20 vecinos que conformaban el pueblo. El cura visitador de Pátzcuaro Br. D. Francisco Vargas rindió informe al Obispado en 1765 diciendo “... la administración es muy pesada, así por el peligro de navegar más de una legua, como por no poder hacer con frecuencia las visitas a estos indios por la misma inconveniencia que hay para adoctrinarlos, lo que los hace más altaneros...” ese año eran ya 862 vecinos, que para 1789 se reducían a 56 pescadores cuyas mujeres comercializaban el pescado blanco en Pátzcuaro.
La iglesia aparece desde el plano de Beaumont y es descrita por la inspección ocular:
“... se compone de una sola nave de poca capacidad con relación al vecindario, entablado al cielo, y techado éste, después de tejamanil; de tierra el pavimento con dos altares formales y otros tantos retablos dorados de mala escultura y además dos tarimas con alguna talla dorada sobrepuesta, todo en buen estado, igualmente que lo material del templo, si se exceptúan la pieza separada de sacristía y coro alto, que se hayan deteriorados. No hay torre pero a la distancia de como 50 varas se halla un campanario de adobe, piedra y lodo que sostiene dos campanas.
Es digno de notarse el gran número de tacitas jarritos y otras vasijas, que forman como un empedrado en el suelo de la iglesia llenas todas de agua bendita y repartidas en toda la longitud de las sepulturas de los difuntos... Hay además un portal ruin y triste que se denomina capilla del hospital, no tiene casas reales ni cárcel, pero si curales en estado de ruinas y de pequeñísima extensión.
Tiene cofradía de la Purísima Concepción con fondo de diez reses...en lo espiritual administra un vicario que nombra el cura de Pátzcuaro, quien además tiene a su cargo otros siete pueblos, y solo viene a este 5 veces al año y la sexta para confesiones... a descripción agustina nos aclara que era de tezontle con techo de tejamanil y medía 18 varas de largo por 6 y media de ancho, la sacristía de 6 y media por 5 cuartos. El cementerio de 15 por 13 de ancho. Poseía coro de madera, un retablo de dos cuerpos, la mitad dorado y la mitad blanco con San Jerónimo de bulto en el centro, el piso era de tierra.
Entre 1822 y 1829 se remodeló, entonces contaba con cuatro retablos: El de San Jerónimo, de la Candelaria, de Guadalupe y de la Dolorosa.
La techumbre fue rehecha sin respetar el diseño original a capricho del constructor, los muros se forraron de cemento,
observándose contrafuertes de refuerzo en los costados. Los altares neoclásicos y el ciprés de doble nivel con nichos laterales aún se conservan así como algunas imágenes de valor salvadas del fuego: San Jerónimo, San Nicolás, la Virgen y el niño, el Señor del Calvario con su cruz de espejo, San Miguel, Cristo procesional y María peregrina. En la sacristía dos lienzos del patrón, uno colonial y el otro del siglo XTX. En 1968 que lo conocimos, se hacía la colecta para reparaciones del techo, carecía de mobiliario y abundaban las vasijas con copal colocadas en el piso, solo 10 años más tarde, en 1978 se incendió reconstruyéndose hasta 1982, se respetó la fachada que diseñaran en el siglo XIX Antonio Ríos y Marcos Cervantes consistente en un paramento de imafonte curvo flanquedo por pilastras jónicas en los extremos coronadas por ánforas, al centro un acceso en medio punto con dos columnas y dos medias muestras flanqueándolo, la clave del arco está diseñada igual que el entablamento resaltado de las columnas, sobre el cual está una cartela apiñonada que dice: “Empezó el año de 1899 siendo juez Lázaro Guzmán y su suplente y rezandero Marcos Games acompañados del pueblo” se corona con el óculo del coro rematado con el escudo y atributos de San Jerónimo.
La torre exenta, de diseño ecléctico, substituye la original descrita en la crónica, la base es de sillarejo en pañería, se ingresa por un acceso coronado por un frontón triangular. En el muro opuesto está la historia del templo; el primer cuerpo es cuadrado con vanos de medio punto sobre pilastras jónicas y esquinas ochavadas con columnillas que soportan un entablamento de triglifos y metopas, en el que se apoya el segundo cuerpo octagonal con vanos de arco rebajados en cuatro caras y ventanas mixtilíneas en las otras cuatro, separadas por columnillas jónicas con friso decorado rematadas con un cupulín nervado cubierto de azulejo con cruz en el remate.
El antiguo bautisterio, hoy capilla de Guadalupe, solo conserva la fachada con acceso de arco en medio punto sobre pilastras
lisas y comisa de remate, la puerta y el retablo interior gotizante, datan del siglo XIX
