Esta capilla es el último vestigio de un conjunto que durante los siglos XVI y XVII recibió el nombre de Hospital; formado por una capilla y varios anexos donde se impartía atención espiritual y médica a los operarios de las minas, agrupados de acuerdo a su etnia. De esta manera en el antiguo Real de Minas de Guanajuato se fundaron cuatro hospitales de este tipo: el de los indios mexicanos, otomíes, tarascos y mazahuas, que es el que ahora nos ocupa.....
Las tradiciones más antiguas sitúan la antigua capilla del Hospital de los Mazahuas en el emplazamiento del actual Templo de San José. Es muy posible que sobre los antiguos muros del hospital se haya reedificado esta capilla en los últimos años del siglo XVII a partir de cuando comienza a aparecer en los documentos con el nombre de San José. Posteriormente existen referencias a otra reedificación en 1730 y de un retablo en 1747.
En el año de 1820 se concluye una nueva reedificación, que quitó a la capilla su probable aspecto barroco tanto en el interior como en el exterior, puesto que la portada principal fue sustituida por otra de composición neoclásica con la fecha de 1820 grabada en un medallón de cantera rosa sobre el dintel de la ventana coral. Cabe hacer mención que en la sacristía existen unos arranques de arcos que dada su distribución es posible que hayan conformado un pequeño claustro.
Sobre una planta de una sola nave, estructurada en tres tramos equidistantes y presbiterio de mayores dimensiones, se desarrolla el plan de la capilla. Los tramos de la nave están cubiertos por bóvedas de lunetos, mientras que el espacio mayor del presbiterio presenta una airosa cúpula de alto tambor octagonal con vanos en siete de sus lados, mientras que una peraltada media naranja remata en una esbelta linternilla sin ventilación.
La fachada principal está articulada por tres pilastras de capitel ecléctico, agrupadas en un par el extremo izquierdo que acusan el cubo de la escalera que asciende a la torre; mientras que la pilastra restante se colocó en el extremo derecho para flanquear el cuerpo central de la portada de cantera rosa. Sobre el par de pilastras de la parte izquierda se desplanta un campanario de un sólo cuerpo con vanos de medio punto en cada cara, flanqueados por pilastrillas del mismo orden que las principales.
La portada está compuesta por dos cuerpos, orquestados por la severidad del primero, articulado por dos pilastras toscanas que flanquean el acceso de medio punto, mientras que sostienen un entablamento de friso sin moldurar. El segundo de los cuerpos está constituido por la ventana coral y sus jambas apilastradas que sostienen un dintel rematado por un copete y un medallón. Finalmente la cornisa que remata toda la fachada presenta un rompimiento en la parte central donde incluyó un monograma de José.
