El templo de San José ocupa el lugar donde inicialmente estuvo una pequeña capilla edificada, según don Jorge Enciso, por el obispo Calatayud en 1736. En 1760, el obispo Sánchez de Tagle mandó construir el que actualmente vemos, concluyendo la nave y una torre hasta el primer cuerpo, mientras que de la otra nada más se encontraba el cubo.
En el siglo XIX, según Juan de la Torre, se modificó el interior de la nave durante los años de 1875 y 1876. Quedó el edificio inconcluso hasta 1945, año en que se terminaron las torres y los remates de la fachada. Frente al templo se encuentra un jardín y, mediante una escalinata, se llega a una plazuela que vestibula el edificio.
La fachada, trabajada en pañería de sillares de cantera al igual que las torres, se compone de tres cuerpos separados por cornisas que se distinguen por variar el diseño de las columnas entre uno y otro, que además van reduciendo su tamaño, provocando así la idea de una mayor altura. Se compone de una portada central enmarcada entre seis ejes verticales columnados, tres a cada lado del acceso, y que funcionan como un complemento de la calle central, que es la que varía más en sus componentes.
En el primer cuerpo está el acceso con arco de medio punto, con extradós moldurado y clave en relieve sobre imposta que se apoya en jambas lisas con el tercio superior acanalado. Las pilastras desplantan de altos basamentos intermoldurados con guardamalleta en el tablero; el fuste se abre en dos tableros cortados en semicírculo al centro, rodeando una moldura circular; es dórico y soporta el entablamento peraltado con flores en las metopas y triglifos. Los paños laterales de las cornisas se repiten en planos, dando una vibración inusitada de corte barroco para un edificio de cánones neoclásicos. Entre las columnas se observan tableros lisos de corte mixtilíneo y hojas de acanto en las metopas.
Sobre la cornisa en saledizo se apoya el segundo cuerpo, con las pilastras a eje de las inferiores, desplantadas sobre basas de cuerpo cuadrado con una talla oval y decoración fitomorfa al centro; el fuste es estriado y el capitel jónico; el tablero se corta sobre una columnilla de diseño estípite de capitel corintio. El friso se decora con metopas circulares y, en sustitución de los triglifos, presenta escudos. El vano coral es en medio punto, con laterales de corte mixtilíneo, con clave realzada y tallas de angelitos en las esquinas; se ornamenta con una guardamalleta. Entre las columnas se encuentran tableros concéntricos moldurados en diamante y, en la parte inferior, penden guardamalletas.
El tercer cuerpo escalona las alturas para dar más importancia al imafronte; las pilastras, alineadas con las del primero y segundo cuerpo, desplantan de un basamento moldurado, remarcando las basas con guardamalletas; el fuste es de tablero moldurado; los capiteles simulan ser corintios. En los intercolumnios se colocaron tableros moldurados; la pilastra central es más alta y forma pareja con una columnilla de capitel anástilo; ambas soportan el entablamento, que se quiebra a mayor altura para curvearse en la calle central sobre una talla rodeada de marco moldurado sobre guardamalleta, en que está representado San José.
Sobre la cornisa de tipo corinto dentada se apoyan tres pináculos con perillón en la cúspide.
Al centro se desplanta un remate de frontón curvo con bordes en roleo y un pináculo al centro que alberga el reloj. El efecto de los paños repitiéndose en molduras y pilastras hace que esta fachada adquiera gran movimiento a pesar de su trazo clasicista y simple.
Las torres, solo el primer cuerpo del lado sur es original; en él se observa la misma secuencia que en la fachada. Es de planta cuadrada y se desplanta sobre uno de los dos grandes cubos que se construyeron inicialmente para soportar las dos torres, divididos estos últimos por una moldura en saledizo; en los paños ciegos destacan dos ventanillas con marco de cantera que sirven para iluminar los interiores. El cuerpo de la torre desplanta de un tablero moldurado, seccionado por las basas de las pilastras con fuste de guardamalletas y medios puntos invertidos con perillón, sobre los que se encuentran vanos pares de medio punto con imposta de balaustre neoclásico en cada uno de los paramentos. Las pilastras de diseño dórico soportan un tablero liso del mismo orden clásico, rematando en cornisa volada. Los dos cuerpos superiores se construyeron en este siglo e intentan seguir la secuencia estilística.
Por el exterior, al norte se ubica la fachada de lo que sería el claustro de las josefinas y, al sur, una portada lateral que debió ser abierta después, ya que la ventana superior está desfasada del eje central. Se compone de un arco de medio punto de extradós entablerado sobre impostas dóricas y jambas con tableros que se atraviesan por una pilastra ornamentada a la altura de la imposta con un corte circular que se prolonga hasta sostener el entablamento mediante un capitel dórico.
El friso del tablero es de triglifos con dentículos y metopas, sobre el que se extiende la molduración para formar un frontón trunco flanqueado por pináculos de perillón sobre basas cuadradas, que enmarcan el nicho de San José en la parte central, realzado por arco de medio punto y venera con molduras en el exterior. A su vez, el nicho se remata en un frontón triangular, también trunco, en cuyo centro está el Sagrado Corazón.
Alineada al eje de la fachada se ve la cúpula de tambor octagonal, horadado por ocho vanos y ornamentado por un pináculo en cada una de las aristas, que enmarcan los gajos de la bóveda recubiertos en azul y blanco entre las nervaduras del exterior. En la parte superior está la linternilla octagonal, cubierta con cupulín, en cuyas aristas se repiten los pináculos del desplante; sus vanos en medio punto se alternan en cada una de sus caras. En el remate se encuentra una cruz de hierro.
La planta es de cruz latina, dividida en tres cuerpos con su crucero, dos brazos y presbiterio. Los muros son de piedra y cal, aparentes al exterior y recubiertos con aplanado al interior, decorados con decoración ecléctica tipo pompeyano en tonos pastel y guirnaldas floridas. Se dividen en tramos, formando los cuerpos de la nave mediante pilastras que se continúan en arcos fajones que soportan las bóvedas de lunetos, similares a las de los cruceros y el presbiterio. Al centro del crucero desplanta la cúpula, decorada con el “Patrocinio de San José sobre la Ciudad”, mismo que le fue otorgado desde el tiempo de su fundación para defenderla de las tormentas; en el brazo norte está un altar dedicado al Sagrado Corazón y, en el muro poniente, un espléndido cuadro de Villalpando que representa al Arcángel Miguel; en el muro de enfrente, de Cabrera, el “Sueño de San José”. En el crucero sur está el altar de la Inmaculada Concepción, con dos lienzos: “Jesús en el templo”, de Cabrera, y “San Sebastián”, posiblemente de Villalpando.
En los espacios que debían ocupar las escaleras de las torres se construyeron dos capillas, a las que se ingresa mediante portadas rectangulares de dintel y jambas acanaladas: una dedicada a San Miguel Arcángel y la del lado norte al Descendimiento de Jesús. En ese mismo muro se ubican, en los dos cuerpos cerca del altar, integrados en el vano provocado por arcos formeros, los altares neoclásicos de la Virgen del Rayo y la Santísima Trinidad; en el muro opuesto está el altar de Guadalupe y el acceso lateral. En la parte alta de los retablos están las ventanas con vitrales de la vida de San José. Al pie de la nave se ubica el coro, apoyado en arcos rebajados sobre columnas entableradas.
En el presbiterio, San José con el Niño Jesús se encuentra en el interior de un ciprés neoclásico, sirviéndole de altar una mesa barroca donada por el cabildo catedralicio, al igual que el viacrucis y los confesionarios.
Bajo la cúpula se ingresa a la cripta. Los cruceros comunican, uno a la cripta y el otro a la sacristía, esta última de planta cuadrada con cubierta de bóveda de arista, a través de la cual se ingresa a la antigua sacristía, techada con doble bóveda.
La casa cural se despliega rodeando dos patios con ingreso independiente.
