San Juan Quiotepec era un pueblo sujeto a la jurisdicción de Atlatlauca para 1564. En la congregación de 1559 a 1603, la cabecera de Yolos debía ser trasladada una legua y media al sur de Santiago Chinantepec, junto con San Juan Quiotepec, sujeto de Atlatlauca, y otros pueblos chinantecos. El templo que se conserva hasta nuestros días es de una nave a la que se accede subiendo una escalinata; tiene sacristía, capilla anexa y dos torres campanario que flanquean la portada. Está construido con gruesos muros de mampostería, cubierto a dos aguas con estructura de madera y hojas de lámina.
