Iztepeji tenía en 1548 cinco estancias, pero en 1579 solo se mencionan dos; una de ellas, San Miguel del Río La Atziguia, sobrevivió como pueblo, mientras que San Pedro Nesicho fue quizás ocupado nuevamente después de una congregación realizada en 1603.
Actualmente, se encuentra en trabajos de consolidación de muros y bóvedas.
El acceso fue modificado, cambiándolo del muro poniente a la fachada oriente. Aquí se observa el muro testero modificado y con el acceso actual, que está flanqueado por dos grandes basamentos. Su construcción es de muros de adobe, a diferencia de la antigua, que es de mampostería de piedra.
