No es mucho lo que se sabe de este asentamiento franciscano, inserto en una de las provincias más pobladas al momento de la conquista. Tan poblada estaba, que a mediados del siglo XVI desataría sendas disputas entre las órdenes mendicantes -franciscana y agustiniana- que realizaron acciones evangelizadoras en la región. Sin embargo, se cuenta con algunas investigaciones y crónicas que permitirán visualizar al interesado al menos un poco de la intervención franciscana a partir del siglo XVI y cuyo convento de San Juan Bautista es testimonio.
El cronista mexicano de la segunda mitad del siglo XIX, don Manuel Rivera Cambas, nos hace una descripción de la zona de San Juan Teotihuacan en su célebre trabajo México Pintoresco Artístico y Monumental, publicado hacia 1880 y del cual presentamos un extracto: "Hubo en este pueblo un célebre adoratorio de los gentiles y por eso le llaman Teotihuacan, esto es, "Lugar donde se adoran a los dioses". En el mismo pueblo levantaron los franciscanos un convento dedicado a San Juan, y de allí residían cuatro religiosos. Tuvo corregidor y gobernador de indígenas, dos cofradías y dependieron de él ocho pueblos con sus parcialidades.
También Teotihuacan está colocado en la falda de una loma de tepetate, y es su terreno de los más escasos en producciones, reseco en la mayor parte, húmedo solamente en la porción situada hacia el Sur y todo en bastante descenso. Entre los limitados productos de aquellas tierras, se recoge muy poco trigo. El maguey forma un gran artículo de comercio, pues de esta planta se extrae el pulque fino llamado de los Llanos de Apan, que puede decirse comienzan en Teotihuacan; en cuyo pueblo crecen muy bien el durazno, capulín y chavacano (sic). Árido y
triste, lo mismo que en Otumba, es el aspecto de las lomas cercanas a Teotihuacan; entre las piedras de tezontle, crecen algunos árboles de Perú (pirul; N. del A.), arbustos y otras plantas pequeñas que forman matorrales.
Por los suburbios de Teotihuacan, se desliza un arroyo con poco agua generalmente; pero en la estación de lluvias se convierte en caudaloso, reuniendo las vertientes de las alturas de Cerrogordo, San Telmo y Belén. Se dirige de norte a Sur; al pasar por las orillas de Teotihuacan quiebra, inclinándose al Poniente y vuelve a tomar la dirección del Sur, pasando por los pueblos de Acolman e Ixtapam y continúa de nuevo la dirección al Poniente, hasta desembocar en la laguna de Texcoco.
Es digno de notar que dentro de la parroquia de Teotihuacan, situada hacia el Sur de la población y en la parte mas baja, en el cementerio y sus inmediaciones, haya diversos manantiales de buenas y abundantes aguas; no obstante, aunque el vecindario tiene en su casa este precioso elemento, solamente puede usarlo para gasto doméstico, porque están en posesión de él y lo disfrutan, las haciendas de Cadena y Acolman. Las aguas de los pozos son salobres. La carencia de agua atrasa la agricultura y causa la esterilidad de algunos sitios, haciendo que el cultivo del maguey sea la principal industria de aquellos habitantes.
Se comunica Teotihuacan, además de los lugares con que lo liga el camino de fierro, con Tulancingo y haciendas de los Llanos de Apam, por caminos carreteros, amplios, abiertos en la llanura; otros salen de Teotihuacan para Texco?o, Pachuca y los pueblos que dependen de aquella cabecera. Dedícanse principalmente los habitantes de Teotihuacan a las labores del campo, ya se les considere como propietarios o simples jornaleros; estos, después de haber ganado su salario, se ocupan en sembrar los pequeños pedazos de tierra, que antes tenían en repartimiento y ahora logran arrendar. En Teotihuacan y Otumba, así como en la mayor parte de los pueblos, agrada mucho la diversión de la pelea de gallos; llenase la plaza de los pueblos, agrada mucho la diversión de la pelea de gallos; llenase la plaza de espectadores de todas clases, sexos y edades, aun señoras bien vestidas de acercan al palenque y gozan con la música y las apuestas.
San Juan Teotihuacan tiene temperamento templado, aunque en el invierno se hace notar algunas veces con rigor el frío. Están cerca los pueblos de San Juan Teotalco, San FrancisCo Temascalapa, Santa María Actipaque, con cuatro barrios de muy húmedo temperamento, situados a orillas de la laguna de Texcoco; a corta distancia se hallan los pueblos de Tlamaxac, San Martín, La Purificación, Zacualuca, San Lorenzo y San Juan Evangelista. El pueblo de Tequisistlan con sus barrios, pertenecido a los agustinos de los que era el cura; Santa María Tepexpam era República de indígenas, con gobernadores y alcaldes, tuvo convento, al que estaban sujetos varios pueblos. Hubo Teotihuacan convento de franciscanos y casa para votos de la Provincia del Santo Evangelio."
El investigador de la arquitectura mexicana del siglo XVI, George Kubler, nos menciona que en 1557 surgió una rivalidad muy fuerte entre los franciscanos y los hermanos de la orden de San Agustín. Esto por el derecho a fundar un establecimiento en este importante centro de población que, como ya se mencionó, contaba con una muy numerosa población. Kubler habla de cerca de dos mil tributarios. Los agustinianos, que ya estaban establecidos en la vecina localidad de Acolman, convencieron a los autóctonos de Teotihuacan de que les construyeran un convento.
Estos rehusaron por temor a los gastos que suponía el carácter suntuoso de las construcciones de la mencionada orden. A pesar de todo, se iniciaron las obras. Durante dos años, los naturales se rebelaron contra el control agustiniano, hasta que les fueron adjudicados los frailes franciscanos residentes. La fundación formal en San Juan debió acontecer hacia 1567. Para 1580 la
iglesia y el convento habían sido terminados, y el establecimiento estaba habitado por cuatro frailes. Un manantial dentro del convento suministraba un poco de agua, que era depositada en un gran tanque ubicado en el atrio, y en donde vivían algunos peces "no comestibles". Todavía hacia los inicios del año de 1992, el autor pudo percatarse de que el estanque aún existía, pleno de
carpas de piel obscura. Igualmente, se podían apreciar todavía en el exterior del convento, canales flanqueados por árboles de ahuejote, tal y como los que existen actualmente en la zona de Xochimilco.
