El templo se ubica en la calle Revolución sn (entre las calles 20 de Noviembre y Plan de Ayala), en el sector Revolución. Se localiza en uno de los barrios indígenas, el de los Mexicanos, que rodeaban la antigua Valladolid. Poco se sabe de su construcción; posiblemente fue terminado en el año de 1696, fecha que aparece inscrita sobre el dintel de la ventana del coro. Para 1748 ya se le menciona en el sitio que hoy ocupa, según una escritura de compraventa de unos solares a la comunidad. Junto al templo se encontraba el cementerio, el cual se suprimió en el siglo XIX; en ese lugar se levantó más tarde un edificio para mercado, mismo que hoy es ocupado por algunas oficinas de Policía y Tránsito.
El templo se encuentra precedido por un pequeño atrio, limitado al frente por una reja metálica sobre un murete de cantera, teniendo su entrada alineada con la portada del inmueble.
El espacio es ocupado en su mayoría por variada vegetación, dentro de la cual destaca una enorme palmera cercana al desplante de la torre y que oculta gran parte de la fachada. En su extremo norte se localiza el actual mercado de San Juan, que va desde el paramento de la fachada del templo hasta la parte posterior del ábside.
La casa cural se encuentra en el extremo sur y se trata de una construcción de fines del siglo pasado, de un solo nivel, que sobresale en su extremo en el atrio. Su entrada conduce hasta un patio rectangular, donde se desplanta una escalinata que lleva hasta la torre. En general, se observa una gran falta de organización y mantenimiento en toda la casa.
El templo, con una orientación de este a oeste (altar y acceso, respectivamente), desarrolla la planta sobre un esquema de cruz latina, cubierta por siete casquetes elípticos apoyados sobre arcos fajones y pilastras tableradas de mediana altura.
Sobre el crucero se desplanta la cúpula de tambor octagonal, compuesta por cuatro vanos y cuatro contrafuertes. Su cubierta es semiesférica y va revestida de cerámica color azul. La remata una linternilla con cuatro vanos y una cruz de cantera sobre esta.
El presbiterio ocupa dos tramos, divididos por un arco de estilo neoclásico que denota una clara intervención de fines del siglo pasado. Todo el interior va recubierto con aplanados de cal y ornamentación de pintura al temple de principios de siglo, con algunas reparaciones efectuadas en los años treinta por el padre Rafael Bernal.
La fachada es sencilla y de claro estilo barroco tablerado, típico de la ciudad.
Su portada está compuesta por un arco de acceso de medio punto, con extradós moldurado apoyado sobre pilastras tableradas. Haciendo eje con estas, se rematan por dos pináculos en el segundo cuerpo. En medio de estos se encuentra la ventana del coro, con jambas y platabanda acanaladas; la flanquean dos pilastras sin capitel, de fuste también acanalado.
Cierra la composición un imafronte piramidal.
Todos los paramentos exteriores carecen de aplanados, exponiéndose en su totalidad la cantera a la intemperie.
La torre se desplanta sobre una base cuadrada al costado sur de la portada. Consta de dos cuerpos de mediana altura, con ventanas de medio punto en cada lado.
El segundo cuerpo es más reducido y se corona por una cupulilla semiesférica, rodeada por cuatro pináculos. Una de las afectaciones más serias que presenta este monumento es el establecimiento del mercado de San Juan en el año de 1964.
Un adosamiento de puestos a todo lo largo del muro norte y ábside del templo ha provocado grandes concentraciones de humedad a través del escurrimiento del agua de lluvias entre las techumbres de lámina de los puestos y el muro del templo. Poca ventilación y asoleamiento recibe este, pues además se almacenan junto al mencionado muro mercancías dispuestas sobre un entarimado permanente, lo que ha traído como consecuencia el desprendimiento de importantes áreas de pintura, decoración, aplanados y escareamiento de la cantera.
Otros daños de importancia se registran sobre el tambor de la cúpula, originándose estos por la falta de atención y mantenimiento requeridos. Casi en su totalidad se han desprendido sus aplanados y los que quedan están a punto de hacerlo, trayendo como consecuencia un humedecimiento excesivo en todas sus partes, que en el interior del templo se ha traducido en peligrosos desprendimientos de aplanados.
Sobre las bóvedas del presbiterio y brazo sur de la nave se observa el crecimiento de gran cantidad de vegetación parásita, propiciado directamente por una concentración de tierra, material desprendido y humedad. Hay una grieta transversal junto a la clave del arco divisorio en el presbiterio y diagonal en el arranque del arco sur del crucero, provocadas por asentamientos del edificio o por la gran pérdida de junteo entre las canteras que forman los muros de ábside y crucero.
