Ixcantepec tenía, en la década de 1570 a 1580, tres asentamientos subordinados en las inmediaciones. El sitio original de la cabecera era posiblemente un centro ceremonial prehispánico en la cima del cerro, al suroeste de su ubicación actual. El templo dedicado a San Juan Bautista se construyó en una sola nave de mampostería, cubierta con techumbre de madera a dos aguas, usando morillos y tejamanil. Sus muros están reforzados con contrafuertes; dos pesados basamentos flanquean la portada.
La portada es de estilo renacentista, desarrollada en dos cuerpos separados por una cornisa. El primero de ellos contiene el acceso de medio punto, con sencillo enmarcamiento de sillares de cantera, y un nicho en cada interpilastra. El segundo cuerpo contiene la ventana coral, rematada con un nicho con peana en la parte superior; el frontis está bordeado con líneas ondulantes que ascienden hacia el centro. Conserva en su interior ocho esculturas estofadas del siglo XVIII y una pila bautismal de piedra fechada en 1560.
