La población de Yalalag, dentro del distrito de villa alta, remonta sus orígenes, según cuenta la tradición, hasta el año de 1191, en que unas 20 familias de totolapilla, tehuantepec emigraron hacia dichos terrenos. Situada sobre la ladera de un sistema montañoso al sur de la cabecera del distrito de Villa Alta, al cual pertenece y al este de la capital del estado de Oaxaca, el poblado de san juan cuenta con un conjunto del siglo XVII, todo construido en piedra y que se compone de: un templo de tres naves y con un sistema de bóvedas como techumbre, un atrio elevado sobre una plataforma delimitada por una barda atrial y capillas posas.
El templo, orientado con el ábside al sur, es de planta basilical; la nave central tienen bóvedas vaídas como cubierta. En el costado sur? del edificio hay un bautisterio y una capilla lateral, ambos de cúpula octogonal sobre pechinas. Dos ventanas, que se abren sobre la bóveda de cañón de la nave.
La fachada se compone de un cuerpo apaisado. En la parte inferior se abren tres accesos con arco de medio punto acompañados de medias muestras. En un segundo nivel se repiten las medias muestras a los costados de nichos que contienen imágenes religiosas. La sección central anteriormente descrita se ve contenida por secciones macizas en un mismo plano y que forman las torres de los dos campanarios. El remate con roleos contiene un reloj enmarcado por dos pilastras. Toda la fachada se encuentra aplanada y con un acabado de pintura vinílica.
Los costados del templo, son dinámicas fachadas en las que alternan una serie de volúmenes entre contrafuertes, de diferentes secciones y alturas y las salientes de la capilla lateral, el bautisterio, las torres de los campanarios y las escaleras que desde el exterior conducen a los campanarios.
La barda atrial es a la vez un muro un muro de contención a la plataforma que se eleva por encima del terreno circundante. Se forma con una serie de semi-arcos invertidos de piedra que rematan en sus terminaciones con pináculos en forma de almenas. En los accesos al atrio se forman portadas con un gran arco de medio punto al centro, un entablamento, un friso con decoración geométrica y un remate con un nicho y almenas a los lados.
