La parroquia de San Juan Tabaa, perteneciente al distrito de Villa-Alta, se localiza al nor-este de la ciudad de Oaxaca y al sur-oeste de la cabecera del distrito, a 1743 mts. sobre el nivel del mar. La población se funda desde la época precolombina, fue conquistada por españoles en el año de 1531 y tomada finalmente el día de San Juan.
El templo fue construido en el año de 1600, de piedra y adobe y con cubierta de zacate a dos aguas. Consta de una sola nave con un acceso lateral, coro y presbiterio. Gruesos muros de mampostería reforzados con contrafuertes de la misma manufactura forman la nave del templo conformada a su vez por cinco tramos divididos por pilastras; con el primero de ellos se forma el presbiterio. Las pilastras avanzan hacia el interior para unirse en el arco que enmarca este espacio. Los cuatro tramos subsecuentes forman el cuerpo de la nave, albergándose en el último de ellos el coro que se levanta sobre una triple arcada: un arco mayor al centro y dos más pequeños a los lados. En lo alto de los muros laterales, a ambos costados de cada uno de los tres tramos centrales, se abre una ventana para iluminar la nave de la iglesia, cubierta actualmente con una techumbre metálica de alma abierta, y lámina galvanizada.
En el interior se conservan, aunque incompletos, retablos barrocos de madera tallada y con aplicación de hoja de oro. La morfología del edificio ha sufrido alteraciones con el paso del tiempo. La actual cubierta de acero y lámina sustituyó a la antigua techumbre con viguería de madera cubierta de zacate. Sobre el costado norte se adosa una construcción de piedra y ladrillo que sirve como sacristía. En 1998 se construye, al interior del templo, una escalera de concreto armado que llega al coro y al cual se accedía anteriormente por la torre del campanario norte.
Dos cuerpos flanqueados por un par de torres para los campanarios forman la portada principal, en donde pilastras, cornisas, arcos, jambas y nichos se encuentran ricamente ornamentados con motivos geométricos en relieve, todo aplanado y con pintura de cal blanca. Sobre la piedra expuesta a la intemperie, de los costados y el muro cabecero, hay manchas de salitre y musgos que se forman por el alto contenido de humedad en el ambiente; aún el aplanado de la portada lateral se ha visto severamente afectado.
