El poblado de Yatzona, perteneciente al distrito de Villa Alta, está situado a 1750 metros s. n. m. Su etimología es: yaga, árbol, palo; xona, ocho; “ocho palos”. Según las constancias que existen de la historia de este pueblo, el cacique D. Marcial Antonio de Vargas, que era capitán del rey zapoteca, se encontró en México cuando fue tomada la ciudad por el conquistador Hernán Cortés y, apersonándose con este, obtuvo de él el nombramiento de capitán y cacique. En el llano Lachioyovego radicó dicho cacique y en 1556 emigró al terreno que actualmente ocupa Yatzona, a causa de las epidemias.
El templo está rodeado por una barda atrial que forma un corredor alrededor del edificio; al frente, el espacio entre el templo y la barda crece para formar el atrio. Dentro del atrio hay un campanario exento, de fábrica reciente, y una capilla posa. El atrio está delimitado por una barda de arcos invertidos de gran dimensión. La capilla posa está suelta dentro de la parte norponiente y, al nororiente, hay un campanario de grandes dimensiones y fábrica reciente, del que penden las campanas, pues el templo carece de campanarios.
El acceso al atrio es a través de un vano de arco de medio punto con pilastras a ambos lados, rematado por una cornisa que sostiene dos pináculos. Entre cada par de pilastras encontramos un nicho que arranca desde la basa y, en el segundo cuerpo, entre los pináculos, hay un nicho pequeño con peana decorada y molduras a los costados. Entre los nichos superiores tenemos la ventana octagonal del coro, que se encuentra remetida respecto al paño de la fachada. Frente a la fachada aparece una cruz atrial de madera, sobre un basamento, que porta una leyenda.
El templo es de una sola nave, presenta una cubierta a dos aguas. La fachada está entre dos grandes prismas, a manera de torres, pero con el remate inclinado respondiendo a la forma de la techumbre. El templo data de 1788 y tiene modificaciones a su estructura original, sin que estas impidan la lectura del monumento histórico. No cuenta con bienes muebles de importancia.
