La disposición del templo es muy sencilla, de una sola nave. Sus siete tramos conservan solamente los muros y los contrafuertes de la estructura original, ya que tanto el entrepiso del coro como la cubierta de la nave son de construcción reciente.
Las fachadas principal y lateral se articulan en la esquina de la única torre.
La portada principal data de 1889 según dato obtenido de un medallón al centro. Mas arriba de la misma hay otra inscripción con la fecha de 1650, que posiblemente formaba parte de la portada original, su diseño es neoclásico las jambas del vano central se prolongan en el arco develado en cuyo centro se destaca una clave pinjante en forma de roleo. Dos pilastras toscanas soportan el entablamento y dejan entre este y el arco enjutas decoradas con motivos vegetales.
La portada lateral es mas antigua, consta de elementos parecidos a los de la portada principal en el primer cuerpo solo que carece de entablamento.
El origen del templo de San Juan de Dios data de la llegada de las fuerzas de Hernan Cortez a Oaxaca en 1521, con su primer sacerdote, Juan Diaz, y el capellán del ejercito. Fray Bartolome de Olmedo. Ellos fundaron el primer templo que hubo en Antequera, en la antigua plaza del Marquez del Valle. Se trato en principios de una ermita de adobe y paja dedicada a Santa Catalina. En una habitación anexa a la iglesia, Juan Diaz acogió a los primeros dominicos llegados a la Ciudad, Fray Gonzalo Lucero y Fray Bernardino de Tapia. A la llegada del primer obispo de Oaxaca, Juan López de Zarate, fue construida con ladrillo y teja para sus nuevas funciones de sede diocesana. Pero al concluirse la obra de la primera catedral formal poco a poco fue abandonada y finalmente fue destruida por el temblor de 1662.
La orden hospitalaria, fundada por San Juan de Dios en 1538 en Granada, había enviado en 1604 algunos frailes a Nueva España encabezados por Fray Geronimo de Segura.
Los monjes juaninos llegaron a Oaxaca hacia 1698. Pidieron autorización para la construcción del templo al cabildo y solicitarse la donación por parte del cura de jalatlaco a quienes pertenecía originalmente la ermita y excatedral abandonada.
DESCRIPCION DE LAS PORTADAS:
Portada principal (poniente).
Se desarrolla en un solo cuerpo, se dispone a partir del vano que ocupa la puerta de acceso, en el cual existe un pequeño peralte que cambia el nivel entre la banqueta pública y el pavimento del umbral de la nave. En la parte inferior se localiza unas basas que le da sustento a las jambas las cuales presentan una canaladura que termina en el astragalo en la línea de imposta para continuar con el arranque del arco de medio punto construido con dovelas y en el centro aparece una clave pinjante que tiene la forma de roleo.
Adelantándose una pequeña dimensión comienza el basamento de dos pilastras toscanas con canaladura en su perímetro que termina en el capitel el cual soporta al entablamento dando origen a las enjutas las cuales están decoradas con motivos vegetales.
Presenta el entablamento una arquitrabe de dos franjas y en el friso a partir del eje de la pilastra comienzan los triglifos alternando con las metopas y abajo aparecen las gotas. En el friso una leyenda "SOLD O HONOR ETG LORA" y al centro una cartela que forma un medallón con la fecha de 1889, justo arriba de la clave que abarca hasta este elemento.
Un elemento arquitectónico más que corresponde a la cornisa la cual en los extremos se transforma en un frontón quebrado, al finalizar el m uro del lado izquierdo la palabra año y en el otro extremo al mismo nivel la fecha de 1650. Este elemento le da soporte a la ventana que ilumina la parte del coro, este vano de forma rectangular sin ningún elemento ornamental, termina la portada con el perfil quebrado del imafronte.
Portada lateral (norte)
Su composición se inicia con el vano de la puerta de acceso en donde sus jambas se prolongan hacia el arco dovelado de medio punto, muy parecida a la portada principal.
Carece de entablamento, aparece un frontón quebrado el cual lleva un rico decorado con relieves en donde se hace notar el símbolo de los testigos de la pasión como son el sol y la luna, estrellas.
Una pequeña escultura que representa a Santa Catarina se aprecian los monogramas de Jesús y María y arriba un nicho con una escultura de un arcángel.
Las dos portadas de este inmueble se fabricaron en piedra de cantera de la región que caracteriza a la ciudad de la verde Antequera de Oaxaca.
