En 1592, fray Francisco de Torantos puso los primeros cimientos del templo y convento franciscano, cuando era obispo fray Bartolomé Ledesma. Dirigió las obras fray Hernando de Cavarcos. La capilla de la Tercera Orden se construyó entre 1733 y 1734. El templo de San Francisco resultó afectado por el temblor de 1696, que lo dejó en ruinas, y por el sismo de 1787, que tiró sus torres. En enero de 1868, el gobierno del estado lo declaró abierto al culto, pero volvió a cerrarlo el 7 de mayo del mismo año para convertirlo en escuela de artes.
El 30 de noviembre de 1933, el conjunto fue declarado monumento histórico. Fue retirado del culto por decreto de la Secretaría de Gobernación del 7 de septiembre de 1933 y se mantuvo cerrado hasta 1945, cuando se solicitó su reconstrucción.
Aunque fueron construidos en épocas distintas y tienen accesos independientes, el templo de San Francisco y la capilla de la Tercera Orden forman un todo inseparable. Hay similitud en su tamaño y su disposición; la traza repite la forma de cruz latina, orientada también en sentido norte-sur.
La nave principal del templo se cubrió con singulares bóvedas de cañón semicilíndrico, cruzadas por enormes lunetos que prácticamente las convierten en bóvedas de arista. Los brazos laterales del crucero llevan cañones con lunetos mejor proporcionados, y el crucero mismo está coronado por una cúpula gallonada sobre tambor octagonal y pechinas. El ábside se cubre con otra cúpula octagonal, pero sin tambor ni linternilla.
Las sendas capillas abovedadas entre los brazos laterales y el ábside, desde las cuales todavía se ingresa a otras dos más pequeñas con bóvedas de cañón y lunetos. En la capilla de la Tercera Orden, la nave principal lleva cañón semicilíndrico con lunetos, lo mismo que el sotocoro; en el crucero, la usual cúpula gallonada sobre tambor octagonal y pechinas; los tres brazos cortos del crucero se cubrieron con otras tantas bóvedas de cañón corrido.
San Francisco de Asís y la capilla de la Tercera Orden.
En cuanto a las portadas de los templos, son totalmente diferentes, pues la del templo de San Francisco es la única propiamente churrigueresca de toda Oaxaca, mientras que la capilla de la Tercera Orden es austera en su composición y muestra una factura anterior a la del templo, como se aprecia en su estilo barroco moderado.
La portada del templo de San Francisco, labrada en cantera café, consta de tres cuerpos. En el primero destaca el acceso a base de un vano con arco de medio punto, flanqueado por dos pares de estípites, los que a su vez flanquean las esculturas de San Francisco y San Diego de Alcalá. En el segundo cuerpo se encuentra un medallón que surge de la clave del arco, con un relieve del bautismo de Cristo enmarcado por molduras y roleos en los extremos; sobre esto se localiza la ventana del coro, con un arco mixtilíneo flanqueado por dos estípites, un relieve de roleos y cortos perillones. El tercer cuerpo, que es el remate, consta de una hornacina con la imagen de la Virgen, labrada en cantera de otro color, flanqueada por esbeltas pilastrillas estípites y coronada por una moldura mixtilínea a manera de frontón, pero interrumpida en los extremos.
La portada de la capilla de la Tercera Orden consta de dos cuerpos. En el primero, dos pares de pilastras flanquean hornacinas con arcos lobulados con esculturas de santos. En el segundo cuerpo, en la parte central, se localiza una hornacina con un curioso remate triangular con la escultura de San Fernando, y a los extremos otras dos más pequeñas entre pares de pilastras con fuste almohadillado (característica relevante de esta portada), las cuales albergan también esculturas, siendo una de ellas la de San José.
Descripción de la portada principal del templo de San Francisco de Asís.
La portada, de gran belleza y excelente fábrica en cantera café, está compuesta por dos cuerpos y un remate, orientada al norte. El acceso está formado por dos pilastras y dos capiteles dóricos, en donde se apoya un arco de medio punto con molduramientos interrumpidos por una clave con medallón mixtilíneo y las enjutas en relieve; a los lados, dos pedestales con cambio de plano (ligero quiebre) de un eje a cada lado, soportando dos columnas estípites adosadas y con ornamentación en sus fustes con capiteles corintios. Al centro de los dos fustes se localiza una hornacina a cada lado; en la parte superior de ella, de forma poligonal, en la de la derecha, la escultura de San Francisco con el cordón franciscano, con una cruz apoyada en el hombro derecho, en la mano izquierda un cráneo y en el pie izquierdo una esfera. La escultura se apoya en una base con roleos y en una peana; el remate de la hornacina es mixtilíneo, con volutas encerrando una especie de guardamalleta. Del lado izquierdo, la hornacina, de las mismas características, contiene una escultura de San Diego de Alcalá, teniendo en el hombro izquierdo un Cristo crucificado y en la mano derecha, abajo de la cruz, un cráneo. Remata la clave del arco un molduramiento pequeño; al nivel del capitel existe una arquitrabe interrumpida en el centro por un elemento en piedra labrada en relieve, con un medallón mixtilíneo en el que está grabado San Juan Bautista. El mismo escudo interrumpe el friso y el cornisamiento, de donde sale un molduramiento que enmarca dicho escudo en forma ascendente y con dos volutas.
En el segundo cuerpo, en la parte superior del escudo, se encuentra una ventana tendiendo a la verticalidad, con jambas y capitel, en donde se apoya un arco mixtilíneo enfatizado con un molduramiento que la enmarca. A sus lados se encuentran dos pedestales a cada lado, soportando una columna adosada y un pináculo, unidos por un molduramiento horizontal, rematando con otro pedestal, correspondiendo estos elementos a los ejes del primer cuerpo. El fuste con estípite, cuya ornamentación consta en la primera mitad de una guardamalleta y en la segunda por un medallón de forma mixtilínea; el de la derecha con un relieve de una cruz apoyada en dos brazos cruzados y, abajo, tres clavos, y en el medallón izquierdo, tres racimos de uvas, teniendo su capitel y un molduramiento que se interrumpe en el marco de la ventana, de donde se apoya una garganta y un capitel dórico que sostiene una base con roleos y un pináculo por lado. A los lados del fuste, en sentido vertical, se encuentra un molduramiento mixtilíneo con volutas a los extremos.
En el centro del remate, en el mismo eje de la ventana, se encuentra una hornacina con arco de medio punto, con derrame al interior limitado por una imposta. La hornacina aloja la escultura de una Virgen con las manos apoyadas en el pecho, enmarcada por pilastras estípites y en forma mixtilínea y un cornisamiento en la parte superior. El remate de la portada, con un arco de medio punto que se desprende de los basamentos, está enfatizado por un molduramiento que se apoya en pequeños repisones, de donde sale un molduramiento al interior de la portada, encontrándose un pequeño pináculo en cada esquina en relieve. En la parte superior del molduramiento, terminado en volutas, se resguarda en la parte central, en piedra labrada en forma circular, el escudo franciscano en un medallón mixtilíneo, con el cordón franciscano en círculo, en el que se alojan dos brazos cruzados y la cruz en la parte central de ellos.
