La capilla está emplazada de oriente a poniente y está rodeada por un gran atrio, limitado con una barda. Su fachada principal cuenta con dos torres organizadas en forma simétrica. El conjunto está formado por la capilla, su atrio y las construcciones de la sacristía, que están situadas al fondo del atrio norte.
La capilla de San Juan Evangelista en Coatecas Altas es el edificio predominante de la población. Se localiza en la plaza central del pueblo. En esta se asienta el mercado, cuyos comerciantes aprovechan parte de la barda atrial de la capilla para organizar sus puestos.
Los muros de la capilla están construidos en piedra y, en las fachadas laterales y en el ábside, se acusan los contrafuertes de los arcos de la nave. Las cubiertas de la capilla están trabajadas con bóvedas de casquete esférico, todas aplanadas y pintadas de color rojo terracota. El aspecto exterior del presbiterio, aunque masivo, es de menores dimensiones que el resto de la construcción y su cúpula es de media naranja.
En la actualidad, la capilla está siendo remozada en su exterior, especialmente en la fachada principal, donde se le están aplicando aplanados de cal y arena con colores a la cal. El resto de la construcción, menos las cubiertas, es de mampostería aparente de piedra.
La capilla tiene planta de una sola nave; tiene coro y sotocoro, nave y presbiterio. La nave, de tres entrejes, está cubierta con bóvedas de casquete esférico bastante rebajadas, mientras que el presbiterio, de menores dimensiones, tiene una cúpula semiesférica. El arco triunfal es de medio punto y de menor altura que los demás arcos de la nave.
Por las dimensiones y la disposición del presbiterio y la nave, es probable que se trate de una capilla del siglo XVII a la que se le haya añadido la nave durante el siglo XVIII.
La nave tiene entradas laterales tanto por su lado norte como por su lado sur; cada entrada posee una discreta portada.
El interior de la iglesia está pintado de color azul, con diseños en otro tono más fuerte. El presbiterio tiene, en el muro del ábside, un retablo dorado con pilastras estípites, organizado en tres calles. El retablo cuenta con seis lienzos y una figura central, organizados en dos cuerpos y remate. En el interior de la capilla existen varias obras muebles de buena calidad artística.
Las primeras relaciones que se tienen del lugar datan de 1745, en que se menciona a Coatecas Altas como un pueblo perteneciente a la jurisdicción de Miahuatlán, aunque administrado eclesiásticamente por la cabecera de Exutla.
