La capilla de San Sebastián es el inmueble más destacado del poblado, que está construido sobre unos lomeríos bajos, por lo que se encuentra a distinto nivel que las calles y predios aledaños. Está rodeada de un atrio limitado por una balaustrada de concreto y colinda con el edificio de la presidencia municipal, que fue edificado en terrenos que antiguamente le pertenecieron.
La fachada principal está formada por la portada, que se encuentra remetida dentro de un nicho con arco de medio punto, los cuerpos de las torres y un himafronte curvo de forma irregular. La portada es de dos cuerpos: el primero enmarca el vano del acceso, que es de arco rebajado con pilastras, mientras que el segundo tiene un par de medias muestras con basas y capiteles que flanquean un ventanal con dintel escarzano y un nicho central de pequeñas dimensiones. Las torres de los campanarios son de planta cuadrada y tienen un solo cuerpo; ostentan medias muestras en los machones de las esquinas y las cornisas de sus remates son curvas. Están rematadas por pináculos y cada una se completa con un cupulín semiesférico con una cruz de herrería forjada.
Los colores que han sido aplicados a los elementos arquitectónicos de esta fachada juegan un papel importante, ya que su contraste y colorido acentúan el carácter del inmueble. Los desplantes de las torres están pintados simulando un aparejo de piedra acomodado en hiladas uniformes, mientras que el resto de la fachada es de color crema con vivos en color terracota.
La planta de la capilla es de una sola nave y está formada por el coro y el sotocoro, la nave, un crucero y el presbiterio. Como es usual en los inmuebles de este distrito de Ejutla, debe de tratarse de una capilla original del siglo XVII, de planta cuadrada con cubierta de bóveda de medio naranja de modestas dimensiones, a la que se le añadieron los entrejes y bóvedas de la nave, en este caso construidas con diferentes cubiertas en cuanto a formas y dimensiones para marcar diferentes jerarquías espaciales. Así, vemos que el coro tiene su cúpula de planta rectangular con las esquinas ochavadas, lo mismo que la nave, aunque de diferente peralte, y luego la cúpula del crucero, de mayor tamaño y disposición en planta, pero del mismo peralte que la del coro.
En el atrio sur, la capilla tiene un cobertizo de lámina donde se llevan a cabo actividades relacionadas con la mayordomía de la capilla. Los habitantes de San Sebastián son celosos guardianes de su templo.
