La Capilla del Siglo XVI fundada por los franciscanos fue demolida y reconstruida en el siglo XVIII para concluirse en el XIX.
Don Manuel Rivera Cambas nos dice que uno de los pueblos que tenían por cabecera a San Juan Zitácuaro era el de "... timbineo... a tres y media leguas de la cabecera, tiene trescientos habitantes y por patrono a San Miguel...", fue fundado por los franciscanos que evangelizaron la región teniendo como sede su convento en el pueblo mencionado.
En 1765 el juez y cura eclesiástico de la entonces Villa de Zitácuaro al describir los pueblos de dicha doctrina dice: "... A la parte poniente está el pueblo de San Miguel Timbineo distante de San Felipe cinco leguas... tiene una corta iglesia de adobe, techo de zacate, y otra que están fabricando que está a la mitad de mampostería, tan destruida de ornamentos, que fue preciso de esta cabecera darle un ornamento viejo y un cáliz..."
Lejarza en 1822 nos dice que San Miguel Timbineo "... es de temperamento caliente, da maíz y caña dulce, y sus habitantes se ejercitan en la agricultura... con un total de 183 almas...".
La capilla que hoy vemos es la misma que describe el Obispado de Michoacán en el siglo XVIII, es probable que pocos años después de la Visita Cordillera y como resultado de la misma concluyera la iglesia de mampostería que en ese entonces se estaba fabricando, seguramente con gran esfuerzo del reducido vecindario, quizá a esto se deba la fuerte tendencia neoclásica de su aspecto exterior influenciado seguramente por la arquitectura imperante en las ciudades de la época o en las Villas de mayor importancia.
La fachada es muy sencilla, consiste en un paramento liso aplanado con enjarre de barro y pintado de blanco a la cal, su portada con acceso de medio punto desplantado sobre impostas de ascendencia toscana y jambas lisas cuyo único ornamento es la clave resaltada por una moldura en roleo, se flanquea por pilastras planas sobre basas carentes de ornamentación, tiene basa y capitel también toscanos sobre los que se apoya un entablamento de friso sin decorar del mismo orden. La ventana del coro de corte rectangular surge sobre la cornisa, se protege por manguetes de herrería que forman una cruz con molduras de ángulo siguiendo un diseño poco artístico se ornamenta con un corto entablamento moldurado hecho con tabique y friso también liso. El frontón de remate es bastante tendido y está delimitado por una cenefa de ladrillo, un poco más abajo de dicha cenefa se ve el límite original de corte horizontal que tenía antes de que se alterase el paramento.
La torre es de un solo cuerpo que sirve como campanario y que se apoya sobre un grueso basamento roto en su sección media por una ventana de reducidas dimensiones enmarcada en cantera, una cornisa en saledizo separa la base del campanario que muestra en las caras norte, oriente y poniente arcos de medio punto apoyados sobre impostas, las esquinas más gruesas refuerzan simulando pilastras sobre las que se apoyan un segundo cornisamento que sostiene un cupulín circular con vanos circulares colocados hacia los cuatro puntos cardinales; se corona por un casquete semiesférico rematado por una peana cuadrada en la que se yergue una cruz metálica.
La planta es de una sola nave con ábside plano siguiendo la disposición de las antiguas capillas virreinales, refuerza sus muros con anchos contrafuertes en talud colocados en posiciones irregulares a ras de los cuales se abrieron vanos cuadrados forjados en su perímetro con tabiques, horizontales en los paños verticales y de platabanda en el dintel. Por el exterior la mampostería se encuentra aparente con rajueleo de lajas tapando las juntas y por el interior acabada en aplanado a plomo y regla pintado con vinílicas sobre un rodapié de ladrillo rojo de pésima calidad. Falsas pilastras se unen por un entablamento, sobre el que desplanta una bóveda de cañon soportan a su vez arcos fajones separando el cuerpo del coro y del presbiterio del resto de la iglesia, en cuyas cubiertas observamos una diferencia considerable de altura, sobre todo en el testero del altar que seguramente se aumentó para dar más prestancia al espacio sacro creándose así el arco triunfal de fuerte tradición franciscana.
El coro se ubica al pie de la nave sobre el acceso y se apoya en un arco de medio punto desplantado sobre pilastras.
La cubierta como ya dijimos es de cañón a dos niveles, sobre la parte central de la nave y el presbiterio podemos ver el corte defectuoso que se le hizo para colocar las ventanas lográndose una precaria iluminación en el interior que originalmente debió ser sumamente obscuro. La decoración del techo es a base de flores de yeso doradas y motivos vegetales en los arcos hechos del mismo material.
El piso es de mosaico y sube tres niveles hacia el presbiterio jerarquizando un altar de un solo cuerpo con diseño ecléctico formado por pilastras estriadas de capitel anástilo que lo separan en tres calles y se unen en la parte superior mediante un entablamento jónico en cada una de las dos laterales y en un medio punto de yesería en la central donde se ubica el ciprés.
En las calles de los extremos se construyeron nichos con repisas de guardamalletas simuladas que albergan imágenes de pasta de la Virgen y el Sagrado Corazón de poco interés artístico. No vemos en el interior pinturas o esculturas que daten de épocas pasadas.
Los anexos conservan vestigios de antiguos muros, y fueron remodelados con losas de concreto y columnas del mismo material cuyo diseño copia las originales que debieron ser postes de madera soportando zapatas y gualdras corridas para apoyar en ellas el ya inexistente tapanco de viguería.
