Dentro de un pequeño e informal atrio, el ingreso a la capilla está formado por un arco de medio punto, sostenido por jambas e impostas. El resto de la fachada se compone de una pilastra adosada a cada lado de la entrada, que termina en cupulín, y un cerramiento con moldura como adorno.
Arriba, sobre su eje, se encuentra una ventana rectangular con derrame hacia afuera. Para terminar, el remate superior es un frontón semicircular, con la base enmarcada por una moldura sencilla.
Sobre el lado izquierdo se levanta la base de la torre, con el campanario formado por dos cuerpos de planta cuadrangular y vanos en cada uno de sus lados, con arcos de medio punto. Dos pilastras adosadas adornan cada lado de los cuerpos, limitados por una cornisa.
El remate es un cupulín que sostiene una base esférica con una cruz.
La planta de la nave es rectangular, cubierta con bóveda de cañón, soportada por un arco fajón y pilastras en la parte intermedia, que además divide la zona del presbiterio, sobre el que se encuentra una linternilla para la iluminación del interior.
Sobre el costado izquierdo, al fondo, se encuentra la sacristía, techada con bóveda de cañón en el mismo sentido de la nave. Sobre ambos costados se levantan los contrafuertes de fachada intermedios y los del muro testero.
San Miguel Metepec, al igual que otras estancias, evitó ser congregada como pueblo. Los agustinos de Totolapan fundaron esta iglesia visita en el siglo XVI, que posteriormente quedó en el olvido hasta el siglo XVIII, cuando se rescató.
