Con un atrio semiabandonado y de buenas dimensiones, tiene dos accesos, ambos en pésimas condiciones. El acceso atrial frontal es un arco de medio punto formado por muros de piedra y coronamiento mixtilíneo, con pináculos al centro y en los extremos. El acceso lateral es muy similar, pero de menor proporción.
La fachada de la capilla de Santiago Apóstol presenta una entrada muy sencilla, con arco de medio punto que inicia desde el piso. Sobre esta se encuentra la ventana del coro, de forma semejante al acceso, y más arriba un nicho rectangular que tiene una escultura de bulto. Remata la fachada una gran espadaña formada por dos cuerpos: el primero, con dos ventanas de medio punto con impostas y derrames hacia los lados, limitados por pináculos; el segundo, con una ventana con impostas y coronamiento piramidal, flanqueado también por pináculos.
Al lado izquierdo de la fachada se encuentra una arquería de tres vanos con arcos de tres centros y medio punto. En la parte posterior se encuentra la escalera de rampa que conduce a la cubierta de la capilla. Sobre el lado derecho se encuentra un portal con tres vanos y arcos de tres centros que descansan en pilastras con impostas, cubiertos con bóveda de cañón y eje transversal a la nave. El primer vano de este segundo portal está tapiado con un muro que tiene una ventana poliforme.
La nave es de planta rectangular, reducida en la parte del presbiterio y cubierta con bóveda vaída. El resto de la nave está cubierta con bóveda de cañón corrido. Sobre el costado derecho de la nave está el acceso que conduce a la sacristía, de planta rectangular y cubierta con bóveda de cañón.
Un tlatoque o quizá calpixque, dependiente del señor de Totolapan, gobernaba Nepopualco, cuya importancia se debía a su situación geográfica estratégica. Por ello, los padres agustinos de Totolapan, en el siglo XVI, intentaron construir un monasterio sobre restos prehispánicos, como lo muestra la traza y la calidad de la construcción. Convertida en una visita más de los agustinos durante los siglos XVII y XVIII, debió ser paso de los peregrinos que promovieron las tradiciones del espectáculo de la Pasión de Cristo.
Nota: Actualmente, como lo muestran las fotos, se trabaja en la remodelación del interior de la capilla.
