La compleja situación política prehispánica se refleja en el gran número de cabeceras separadas que existían durante el periodo colonial. Muchos antiguos sujetos buscaron y obtuvieron la categoría de cabecera bajo los españoles. Tal es el caso de San Miguel Chicahua e Istaltepec, que fueron cabeceras gemelas, sin estancias conocidas.
El templo que se conserva hasta nuestros días es de una sola nave, con el presbiterio angosto. Sus muros son de adobe, reforzados con contrafuertes, actualmente en proceso de consolidación a base de mampostería. La techumbre es de lámina, pero en el interior tiene un plafón de viguería apoyada en zapatas talladas en madera, decoradas en su parte inferior con pequeños círculos pintados que semejan dentículos. En su interior conserva dos lienzos de grandes dimensiones en malas condiciones, un retablo barroco estípite sin oro con una escultura en madera de la representación Ecce Homo y un nicho de retablo barroco con la escultura de la Virgen de Dolores.
La portada es de estilo renacentista, con acceso de medio punto, flanqueada por pilastras pareadas que continúan después del entablamento, con un nicho en cada intercolumnio. Al centro tiene la ventana coral circular. Lo remata todo un frontón triangular, con un pequeño nicho al centro y pintura que representa el cáliz.
