En el momento del contacto, había un número sorprendente de comunidades mixtecas menores, todas o casi todas políticamente autónomas, entre las que estaba Huautla.
San Miguel Huautla ya había sido congregado en 1580 y no tenía entonces dependencia alguna.
El templo de San Miguel Huautla se desarrolla en planta de una nave, cubierta con techumbre a dos aguas, con estructura de madera y teja en el exterior, y en el interior, viguería sobre zapatas.
Es importante mencionar que, en la parte alta de los muros, se conservan los nodos en donde convergían las nervaduras; el arco triunfal que enmarca el presbiterio presenta un saque en cada lado para dejar aparentes los nodos. de ahí que su fachada sea del tipo de las de contrafuertes diagonales, porque recibían los empujes de las nervaduras.
Su portada es de estilo plateresco, con marco en forma de estrella envuelto en un alfiz y tres relieves en cantera incrustados en la enjuta.
Tiene una sola torre campanario hacia el norte de la portada.
