Las primeras mercedes de tierras que dieron origen a la finca fueron otorgadas a Hernán Gutiérrez y a Rodrigo de Ávila, quienes recibieron en conjunto cuatro caballerías. Esteban de la Fuente, uno de los poderosos latifundistas del siglo XVII, figuraba en 1632 como propietario de la ya entonces Hacienda de San Nicolás; los herederos la vendieron en la segunda mitad del siglo XVII, época en que perteneció a Martín de Lecoranguis y sus descendientes. Alrededor de 1687, una parte pasó a manos de Alonso de Lira y Saías, quien las heredó a sus hijas Juana y María. Con la autorización de las propietarias, Diego y Fernando Bocanegra hipotecaron la hacienda en favor del Convento de Religiosas Catarinas de Valladolid para garantizar el pago de un capital de mil pesos y sus réditos; para entonces, contaba con 915 hectáreas.
A principios del siglo XVIII fue adquirida por el teniente de escribano Nicolás Paniagua; a su muerte, sus herederos enajenaron sus fincas, siendo San Nicolás adquirida en 1743 por el arrendatario de las alcábalas de la jurisdicción de Maravatío, don Matías del Rincón y Solar.
En 1760 se hipotecó para avalar las hipotecas sobre préstamos y adeudos de la Fábrica Espiritual de la Catedral de Valladolid, así como los adeudos causados por obras pías catedralicias y algunas capellanías.
En 1884, una gavilla integrada por cuarenta y siete individuos ocupó la hacienda cometiendo múltiples excesos; estaba formada por indígenas de las extintas comunidades, por lo que se envió la acordada para mantener las garantías. Pese a estos conflictos, la hacienda subsistía en 1921, año en que Áporo solicitó su conversión a municipio. Uno de los argumentos en contra era que a varias localidades, como Tzintzingareo, La Cuajada y las haciendas de San Nicolás y Rincón del Sapo, les convenía acudir a la cabecera de Irimbo y no a la de Áporo. Se hablaba también de la desolación del pueblo de Irimbo por la destrucción de Chávez García, lo que indica que esta hacienda había resistido a los ataques del chavismo. El golpe de gracia para la hacienda fue la agitación agraria y el movimiento cristero; a partir de esta etapa no se encuentra dato alguno que indique la supervivencia del sitio.
Lo único que se conserva del casco son los muros que pertenecieron a la capilla, hechos en piedra y lodo, recubiertos con aplanados de cal. Muestran aún el nivel de la viguería y el límite de los pretiles, así como la huella de vigas que debieron estar empotradas para sujetar algún antiguo retablo ya inexistente.
Los vecinos que se repartieron las tierras, convirtiéndolas en ejido, construyeron una nueva capilla carente de interés, a base de tabique y concreto armado, en las cercanías, fuera del minifundio.
