San Pedro Amuzgos se localiza al suroeste de Oaxaca.
En el momento del contacto, la mayor parte de esta región estaba sometida al señor de Tututepec, poderoso estado que no solo resistía a la hegemonía de los mexicanos, sino que estaba en proceso de extender sus fronteras hacia el norte y el este. Había una serie de comunidades que, aunque sujetas directamente a Tututepec y tributarias suyas, parecen haber conservado cierto grado de autonomía política, con señores hereditarios, gobernadores o recaudadores de impuestos. Hacia el oeste, entre otros estados dominados, estaba Amuchco (Nuñama), donde se hablaba amuzgo (dialecto mixteco).
El encomendero de Amuzgos, Francisco de Ávila, fue sucedido por un hijo, Hernando, antes de 1541. Este último fue sucedido en 1600 por su hija, María de Ávila, cuyo marido, Ángel de Villafaña y Alvarado, vivía todavía en 1629.
Se dice que los primeros evangelizadores de esta área fueron dominicos, pero Tututepec aparece como doctrina secular subsidiada por su encomendero desde la década de 1530.
El pueblo de San Pedro Amuzgos constaba, en el siglo XVI, de dos cabeceras con cuatro estancias.
El templo de San Pedro Amuzgos, al igual que otros de la misma época, es el resultado de varias intervenciones que ha tenido a través del tiempo. El que aquí observamos tiene planta de cruz latina; la cubierta es de bóvedas de cañón con lunetos y tiene una cúpula de media naranja sobre el crucero.
