La comunidad de San Pedro Cajonos, dentro del distrito de Villa Alta, está emplazada a 1692 metros sobre el nivel del mar. Se ignora la época en que fue fundado y quiénes fueron los primeros pobladores. Los terrenos pertenecieron al cacicazgo de D. Pedro de la O., D. Francisco de la O. y D. Juan de la O. Juárez, a los cuales les cedió el virrey D. Luis de Velasco el título el ocho de enero de 1560. El poblado es pequeño y tiene un edificio relevante, que es el templo, el cual está emplazado al borde de una plataforma en la cumbre de la ladera donde se encuentra el pueblo. Al frente tiene una explanada que funciona como atrio. El edificio, por tanto, está exento de la trama urbana, lo que lo muestra como un pabellón al que se puede recorrer por todos lados desde el exterior.
La fachada es asimétrica; presenta solo una torre y campanario del lado sur. El vano de acceso es de arco de medio punto, flanqueado por dos pilastras que se elevan hasta el frontis que remata al cuerpo. Entre ellas y en orden ascendente encontramos el vano principal, cuyo arco descansa sobre impostas y dos pilastras. En la enjuta del arco, en relieve, aparecen decoraciones en forma de volutas. Una cornisa moldurada une a las pilastras y sirve de base para cuatro pequeñas medias cañas que simulan una espiral que asciende en su cuerpo; entre sí hay dos florones, enmarcados por un par de molduras. A continuación se aprecia el óculo que lleva luz al coro y enmarca una herrería cardinal, en su centro. El pretil, que recorre toda la fachada en su extremo superior, se curva sobre el óculo y soporta un nicho al centro; el frontis adopta la forma de pináculos.
La torre del campanario está conformada por arcos de medio punto en sus cuatro caras; cada uno de ellos tiene un par de medias cañas a cada lado, pretiles y una cornisa, rematada por pináculos en sus cuatro esquinas, que encuadran a una bóveda de linternilla ciega. La fachada se encuentra recubierta de estuco, pintado de amarillo en las superficies y azul en los elementos arquitectónicos que la caracterizan.
En el costado derecho del templo, entre los dos contrafuertes, se abre un acceso; se trata de un arco de medio punto, enmarcado por pilastras y una moldura superior. Entre estos elementos se alterna el material, pues los costados de la nave presentan la piedra aparente y el acceso se allanó usando mortero-cal. El edificio está construido a base de piedra y argamasa para los muros. La techumbre conserva los rasgos de la que pudo ser la original, a base de vigas de madera. Al interior, el espacio está conformado por esta techumbre a dos aguas y los muros de mampostería. El vano de acceso se encuentra remetido respecto al paso interior; la altura del techo fue modificada, y ello se puede apreciar en la disposición de la cubierta en relación con el óculo del área del coro.
La puerta es de doble batiente, tallada en madera. A los costados se observan urnas y cajas con imágenes. La zona del presbiterio se delimita del resto de la nave por un arco que descansa sobre dos pilastras laterales. El altar tiene tres nichos: el central, de arco apuntado, se ubica a una mayor altura, jerarquizando al patrono de la parroquia, dedicada a San Pedro, cuya imagen viste atuendo pontífice, el cual se puede alcanzar a través de dos escalinatas simétricas. Bajo este se ubica la urna para resguardo de los objetos litúrgicos y, a cada lado, aparecen los otros dos nichos de arcos apuntados que alojan dos esculturas de cuerpo completo, y son rematados por agujas góticas. El altar presenta un trabajo de recubrimiento con hoja de oro.
Uno de los retablos laterales presenta al frente una caja de cristal con una figura tendida. El nicho central, en el primer cuerpo, es de arco de medio punto con peana. A cada lado, otro nicho igual, pero de menor dimensión. A los lados de cada nicho, una columna donde figuras de arcángeles, a manera de atlantes, sostienen los capiteles, relacionados entre sí por arquitrabe y friso decorados ricamente. En la parte superior encontramos una pintura de la Virgen de Guadalupe, presidiendo un frontis que remata al retablo.
