DIEGO DE TAPIA, HIJO DEL CACIQUE Y LUEGO GOBERNADOR DE QUERETARO FERNANDO DE TAPIA, FUE QUIEN DE ALGUNA MANERA HIZO POSIBLE EL TEMPLO DE SANTA CLARA Y EL REAL CONVENTO ANEXO, CONTRIBUYENDO, ADEMAS, A LA AFIRMACION DE LA ORDEN DE LAS CLARISAS QUE PERMANECIAN DEPENDIENTES DE LA ORDEN DE SAN FRANCISCO.
UNO DE LOS MOTIVOS QUE TUVO DIEGO DE TAPIA PARA LA FUNDACION DEL CONVENTO FUE, ADEMAS DE ELEVAR SU POSICION SOCIAL, EL DE HACER QUE SU HIJA LUISA, POR MEDIO DE UNA CUANTIOSA DOTE, FUERA PRACTICANTE DE ESTA ORDEN, INGRESANDO PRIMERO COMO NOVICIA EN EL CONVENTO DE SANTA CLARA DE LA CIUDAD DE MEXICO. RECIBIO EL HABITO DEL ESPIRITU SANTO EN LA VILLA DE GUADALUPE Y REGRESO A QUERETARO EN ENERO DE 1607 PARA COMENZAR SU VIDA CONVENTUAL.
EL TEMPLO DE SANTA CLARA Y EL REAL CONVENTO ANEXO SE COMENZARON A CONSTRUIR EN LOS TERRENOS DONADOS POR DOÑA MARIA DE TAPIA, HERMANA DE DON DIEGO. LAS LICENCIAS Y DEMAS TRAMITES PARA LA EDIFICACION SE LE ENCOMENDARON A FRAY MIGUEL LOPEZ, VICECOMISARIO DE LAS PROVINCIAS DE LA NUEVA ESPAÑA.
LA FABRICA DEL TEMPLO SE INICIO FRENTE AL CONVENTO DE SAN FRANCISCO, EN LA CALLE DE LOS CINCO SEÑORES. LA FUNDACION SE REALIZO EL DIA 13 DE ENERO DE 1607, FIESTA ENTONCES DEL SANTO NOMBRE DE JESUS, SIN QU ESTUVIERA AUN TERMINADA LA CONSTRUCCION DEL CONVENTO.
EL 21 DE JULIO E 1633 LAS RELIGIOSAS CLARISAS SE TRASLADARON AL NUEVO CONVENTO Y TEMPLO.
DURANTE EL SIGLO XIX, A CONSECUENCIA DE LAS LEYES DE REFORMA, LAS MONJAS FUERON EXCLAUSTRADAS. EN 1863 COMENZO LA DEMOLICION DE BOVEDAS Y MUROS POR ORDEN DEL GOBERNADOR DE QUERETARO, JOSE LINARES, QUIEN DISPUSO LA APERTURA DE UNA CALLE EN MEDIO DEL CLAUSTRO PRINCIPAL HASTA DEJAR ABIERTA UNA BRECHA QUE POR MUCHOS AÑOS DURO EN ESE ESTADO. POSTERIORMENTE SE DEMOLIO EL RESTO DEL CONVENTO, RESPETANDOSE UNICAMENTE EL TEMPLO DEL QUE SE HICIERON CARGO LOS FRANCISCANOS. ESTOS LA ENTREGARON AL GOBIERNO ECLESIASTICO DE LA DIOCESIS, CUANDO, AUTORIZADOS POR LA SANTA SEDE, RECUPERARON EL TEMPLO DE SAN FRANCISCO QUE HABIA SERVIDO DE CATEDRAL.
EL 20 DE JULIO DE 1921 SE FIRMO EL DECRETO DE FUNDACION DE LA PARROQUIA DEL CENTRO DE LA CIUDAD A LA QUE SE LE DIO COMO TITULAR EL SAGRADO CORAZON DE JESUS Y COMO TEMPLO EL DE SANTA CLARA.
