A petición de la población en el año de 1563, tanto el Virrey Don Martín Enríquez como el Arzobispo Fray Alonso Montúfar, aprobaron la idea de fundar un monasterio de Clarisas en la Ciudad de México.
El Arzobispo, al igual que el Virrey, decidieron prestar toda la ayuda para el nuevo convento. Éste se establece en un principio en los terrenos que actualmente ocupa el Templo de la Santísima Trinidad donde, en la segunda mitad del siglo XVI, había una pequeña ermita perteneciente a la Cofradía de la Santísima Trínidad, formada por los gremios de sastres, calcoteros y jugueteros. Los propietarios de una casa contigua a la ermita, D. Alonso Sánchez y Francisca Galván, ceden esta casa para el convento.
Doña Francisca Galván y sus cinco hijas toman posesión del pequeño templo formándose así un beaterio. Éste toparía al principio con grandes dificultades creadas por desacuerdo entre la Mitra y la Orden Franciscana.
La fundación se hizo por fin, bajo la dirección de los franciscanos gracias a la Bula enviada por S.S. Gregorio XIII en 1576. En esta Bula, el Papa ordenaba que se edificara un monasterio para las Clarisas, y que la monja Concepcionísta que tomaba las profesiones regresaba a su convento a cambiarse de orden y que éstas las haría el Padre Provincial de las Franciscanas. Doña Francisca Galván debería irse a Castilla con sus cinco hijas.
Los franciscanos compraron varías casas e iniciaron la construcción del edificio en la calle de Tacuba. Se sabe que para 1578 las monjas ocupan el nuevo convento; éste solo había sido una adaptación de las antiguas casas, ya que para 1621 las construcciones estaban a punto de desplomarse.
En 1623 se inició la nueva construcción siendo patronos del convento D. Andrés Arias Tenorio y su mujer Jerónima de Meneses; a la muerte de Don Andrés, las obras fueron continuadas por sus hijos. Sin embargo, el dinero no era suficiente y las obras eran muy lentas.
Tuvo este convento donaciones importantes como la de Sebastián de Aparicio y la de Juan Ontiveros Barreda, que permitieron terminar el templo en 1662. Éste debió tener en su interior retablos barrocos. Sabemos también que las monjas de Santa Clara no acataron, al menos al principio, la vida en común, por lo que el convento debió tener infinidad de pequeñas casitas o celdas individuales, dotados de sus servicios, cocina, patio, etc.
Anexo al templo se construyó una pequeña capilla localizada en la esquina, que forman las calle de Bolívar y Tacuba, dedicada a la Purísima Concepción. Fue mandada edificar por Don José Miguel Reyna en 1729. Tanto el templo como el convento sufrieron varios incendios de consideración en diferentes épocas.
La superficie del convento en 1861, año en que fue suprimido, era de 18,000 varas cuadradas. El terreno fue fraccionado en varios lotes; además, la prolongación de la antigua calle de la Alcaicería, hoy Avenida 5 de Mayo, destruyó la huerta, la pequeña capilla de Nuestra Señora de los Remedios y la torre; la capilla de la Purísima fue pulquería y luego comercio; el templo permaneció abierto al culto católico y posteriormente se convirtió en biblioteca del Congreso de la Unión.
Sobre la fachada a la calle de Tacuba, presenta dos portadas gemelas realizadas en dos cuerpos; el primero, conformado mediante un arco de medio punto moldurado, con la clave realzada por un roleo, apoyado sobra pilastras toscanas entableradas, flanqueado por pares de medias muestras toscanas, las cuales, a su vez, sustentan un entablamento. El segundo cuerpo consiste en una ventana flanqueada por pilastras toscanas entableradas, que dan base a un entablamento rematado por un frontón triangular trunco, con tres pináculos. En ambos lados de la ventana hay dos escudos franciscanos gemelos. Los de una portada con las cinco llagas, los de la otra con los dos brazos cruzados.
El interior, con planta de cruz latina, está cubierto con bóveda de cañón corrido con lunetos y una cúpula con lucarnas sobre el crucero. Los muros se refuerzan al exterior con contrafuertes rematados pináculos, de los cuales surgen las gárgolas.
