La localidad de Santa Elena Comaltepec aparece mencionada en Relaciones Geográficas del siglo XVIII, como perteneciente a la parroquia de Huazolotitlán. El templo actual fue edificado en el siglo XIX; está emplazado en una planicie, sobre un terreno en declive, al centro de la localidad, en un eje oriente-poniente. Es de una nave con sacristía y un soportal a manera de nártex en el acceso principal.
La fachada principal es de un solo cuerpo, con remate en forma triangular con una cruz de metal en el centro. En las aristas existen contrafuertes con escarpio, que al mismo tiempo contienen el espacio que antecede el ingreso, cubierto por un tejado sobre vigas de madera apoyadas sobre pilares de concreto armado.
Los costados norte y sur son paramentos lisos, con un contrafuerte en el primer tercio hacia el imafronte y otro en la arista posterior. Por el lado poniente está adosada la sacristía, un volumen de características constructivas y formales similares a las de la nave, con un corredor porticado hacia el oriente.
El testero tiene el perfil a dos aguas marcado por la cubierta, con una gruesa cornisa como remate.
Los muros están construidos con bloques de adobe y los contrafuertes con piedra y tabique, recubiertos con aplanado y pintura a la cal. La techumbre es de par y nudillo, con vigas de madera y una cama de carrizo y teja de arcilla.
