Entre 1601 y 1650, los españoles asentados en la región del Bajío michoacano, considerada en ese tiempo eclesiásticamente como “beneficio de clérigo”, con pueblos “de indios” como cabecera —que eran San Juan Puruándiro y Santiago Conguripo— contemplaban la explotación desde sus estancias; entre ellas, desde estas remotas épocas, se menciona la Estancia de Janamuato.
La monografía de Puruándiro nos dice que la estancia de “... Jamanuato y su ganado rendían beneficios a Tomás de Burgos Antolínez; a cuyo fallecimiento pasó a solventar la situación económica de su esposa y los hijos de ambos...”. El toponímico del lugar tiene sus orígenes en el material volcánico que conforma el suelo del lugar, acumulado en el cerro de “Jamanos”, que en purépecha quiere decir “piedras rojas”, mejor conocidas por su nombre náhuatl: tezontle.
Esta hacienda, en la etapa colonial, según la crónica, “... herraba un promedio de 50 mulas, 40 potros y 120 vacunos, que permiten calcular 300 equinos, 100 asnos y 500 vacunos...”.
El auge de la hacienda continuó, formándose en el siglo XIX un latifundio que, a fines de ese siglo, se unía por una calzada con la Hacienda de San Antonio y por otra, de la hoy Congregación de Janamuato, al rancho de La Caña. Aparece de nuevo en la historia porque en sus cercanías mataron a los primeros maderistas en el paraje conocido como La Laguna, dejando sus cadáveres colgados de un árbol.
El informe de Bienes Inmuebles reporta en 1986 que los vecinos saben que se reconstruyó en el año de 1915 en materiales de “... cantera, piedra, techos de teja, pisos de cemento...”.
La guerra cristera llegó a Janamuato con la misma agresividad que al resto del Bajío michoacano, destacando un hecho sucedido en noviembre de 1926, en que los grupos no católicos actuaron en Janamuato en contra del “... padre García [que] fue aprehendido y obligado a subir a una caravana de cuatro. El encargado del orden que ayudó al secuestro resultó muerto a balazos...”. Las represalias no se dejaron esperar, ya que los hacendados aceptaron el reparto de tierras entre las gentes que eran de su confianza, dejando fuera a los solicitantes que formaban el grupo agrarista. Los favorecidos fueron llamados “fraccioneros” y continuaron siendo atosigados por los congregados en la comunidad agraria hasta que su líder, Jesús Juárez, fue muerto a balazos en 1931, fecha en que los fraccioneros cercaron las cuevas que les servían de guarida, perdiendo así la batalla y pacificándose la región con el reparto planeado por los hacendados y las autoridades, quedando incluida en él la antigua estancia de Janamuato.
El secuestro del párroco en el sitio indica que la capilla ya estaba establecida en el casco de la hacienda.
Durante mucho tiempo, la localidad se llamó “Puerta de Cuanajo”. La capilla, al dividirse las tierras de la hacienda para formar el nuevo pueblo, fue insuficiente, por lo que en 1942 se amplió nuevamente la obra bajo las instrucciones del padre Francisco Nambo. Fue consagrada a la Santísima Trinidad, convirtiéndose en parroquia en el año de 1954. La fábrica se hizo de tres naves y se realizó con la piedra áspera llamada janamo.
En 1980 se define Janamuato como una “... densa población a pesar de la inmigración... calles alineadas con casas de ladrillo y adobe...”.
La iglesia actual indica claramente en uno de sus muros laterales vestigios de una construcción de mayor antigüedad, que ocupa los tres cuerpos centrales de la nave. El edificio es de tres naves, con torre a la derecha del acceso y cubiertas de bóveda, con cúpula frente al ábside y coro sobre el acceso.
