El antiguo convento franciscano desapareció casi en su totalidad, restando solo tramos de muros aislados. En el último tercio del siglo XVI, durante la visita del padre Ponce, de la orden franciscana, dice su acompañante, el fraile Ciudad Real: “Sábado 15 de noviembre, partió el padre comisario de Erongarícuaro... llegó al pueblo de Pechátaro, donde fue muy bien recibido. El pueblo es muy pequeño, de los mesmos indios y obispados... El convento es asimismo pequeño, hecho de adobes y cubierto de paja; tiene una bonita huerta en que se dan muchas frutas y hortalizas de Castilla. Moraban en aquel convento (cuya vocación es de Santo Tomás) dos frailes... no tiene el convento ninguna visita...”
El amplio espacio que precede a la nave queda frente a lo que hoy es la plaza pública, invadiendo parte de lo que fue el atrio, delimitado mediante una barda corta de mampostería con una celosía en su parte alta hecha con tabique. El área está conformada por recuadros de pasto, rodeados de franjas de andadores de cemento; carece de vegetación, exceptuando un pequeño oyamel y algunos arbustos. Frente a la fachada de la nave se ubica una portada atrial de características neoclásicas, compuesta por un arco de esbeltas dovelas de clave resaltada sobre impostas y jambas lisas, cuya manufactura denota deficiente corte de la sillería. Se flanquea de pilastras planas que se unen por una cornisa dentada, sobre la que desplanta un frontón triangular con una cruz en el vértice y dos almenas incompletas en los extremos, colocadas a eje de las pilastras; la reja es metálica, reciente y de feo diseño. Entre la nave y la portada, sobre una plazuela de piedra labrada, se ubica la cruz de poste y brazos cilíndricos, con peana cúbica colocada en el vértice de un basamento cuadrado que sube en talud para formar una media esfera en la que se apoya dicho elemento.
La fachada de la iglesia, precedida por una escalinata de esquinas curvas, fue modificada el siglo pasado, creándose un efecto extraño basado en un diseño ecléctico que engaña al espectador por la placa de cantera que está tallada y colocada sobre la clave del arco. El paramento liso se flanquea de dos pilastras planas que no cargan friso ni entablamento alguno; a sus extremos surge una guirnalda que sube formando un bulbo para sostener un elemento circular con una flor al centro. Varios cortes horizontales se producen en la mampostería, evidenciándose distintas intervenciones que alteran el diseño original. En medio del imafronte se ubica un vano de arco escarzano con manguetería a cuadros de madera y vidrio, coronado por un esbelto frontón; tanto el dintel como las jambas son esbeltos y se apoyan en una repisa moldurada. Delimitando la guía de laureles surge un paño que se inclina siguiendo la vertiente a dos aguas del tejado. En la parte inferior de la fachada está el acceso, protegido por una puerta neoclásica de tableros que se adorna por un resplandor propio de los diseños de la época. El arco es de dovelas pequeñas y poco espesor, al igual que las jambas y las reducidas impostas; el paramento está aplanado y pintado en color de rosa.
La torre se ubica en la esquina norponiente y tiene su acceso por el atrio a través de un estrecho vano con arco de medio punto. El cuerpo inferior es un ancho volumen con una ventana rectangular en su parte media; se refuerza en la base con dos elementos rectangulares escalados. Mediante una cornisa se separa de los cuerpos superiores, que son cuadrados y reducen su tamaño según se asciende; presentan vanos de medio punto en cada una de sus caras y albergan las campanas. Rematan en la parte superior, donde desplanta una cruz. Toda la torre es de mampostería, recubierta con aplanado y pintada de blanco.
La nave es de una sola planta, con el ábside plano reforzado por el exterior mediante un contrafuerte que invade la calle que se abrió en sus espaldas y que corta la extensa huerta que describió Antonio de Ciudad Real. Los muros son de piedra y lodo, recubiertos con enjarre de este último material por el exterior y de mezcla terciada por el interior; carecen de decoración y se encuentran totalmente pintados de blanco. Dos vanos en el muro norte y tres en el muro sur dan una regular iluminación, que se complementa con los dos óculos que flanquean el altar principal, horadando el muro absidal.
El coro se ubica al pie de la nave y se sustenta mediante una serie de puntales; no obstante, se conservan dos basas de piedra y una columna de madera, las cuales subsisten de la construcción inicial. Gruesas vigas soportan, de lado a lado del muro, una tablazón plana, todo estucado y pintado de azul. El antecoro es de madera pintada de verde, con vanos piramidales; precede la nave y, en una de las esquinas, vemos el interesante caracol que sube hacia el coro, mismo que se delimita por un barandal torneado. En el lado opuesto se conserva una portada de grandes jambas lisas de fuste monolítico, con capitel toscano, sobre las que descansa un arco de grandes dovelas con vestigios de color en rojo sobre estucado blanco y marrón en una segunda capa; comunica a la parte inferior de la torre, en donde se guardan objetos de culto, entre los que se encuentra una pila bautismal del siglo XVI en lamentable estado de deterioro.
El piso de la nave es de mosaico y sube hacia el presbiterio un escalón, delimitándose por un comulgatorio de arcos en medio punto con características neoclasicistas. Apoyado sobre el testero está un altar también neoclásico, de buena factura; al frente se desplaza el ciprés de dos cuerpos, apoyado en columnas de capitel compuesto que alberga un Cristo de caña. El nicho del segundo cuerpo está delimitado por un barandal torneado, con Santo Tomás en el interior; sobre la bóveda que lo cubre surge un resplandor de extensos rayos dorados, que se repite en las dos calles laterales. Frente a la mesa del ara está la escultura de San Francisco.
La techumbre es muy interesante: conforma un medio cañón separado con cerchas dobles, simulando fajones; se abre sobre el presbiterio en gajos que se apoyan en los largueros, el ábside y dos cuadrales. Está delimitada por un barandal torneado, quedando la venera adornada con este elemento; está pintada de azul y, sobre el tramo central, se corona con un curioso capulín de madera, único en las techumbres aveneradas. Los fajones de la bóveda muestran decoración florida al temple y en la tablazón se encuentran vestigios de decoración también vegetal, muy borrosa por el tiempo, aplicada sobre pintura azul al temple. Sobre el artesón desplanta una armadura de tijera que soporta pares con una hilera al centro, en la que se apoya la venera, jerarquizando de este modo el área sacra.
Los anexos que conformaron el pequeño convento de adobe, en donde se albergaban los dos frailes que visitaban algunos poblados vecinos, se conservan solo parcialmente; unos cuantos muros de pie se contemplan con otros que datan del siglo pasado y algunos más del presente. La planta del segundo nivel se construyó a la manera de las trojes, con tablones y cubierta de morillos y teja. En lo que fue el patio claustral se conformó el pórtico mediante columnas de madera de ascendencia indígena; en los costados se construyó una iglesia nueva que sustituye la antigua capilla del hospital, hoy demolido.
