La fachada barroca del templo de Santo Tomás hace una bella combinación con la vegetación de su pequeño atrio.
La fachada, integrada por la torre, la portada de tres cuerpos y la espadaña con su basamento en el lado derecho, le da un agradable sentido de esbeltez al inmueble.
La portada se inicia con el esbelto acceso, con un arco de medio punto flanqueado por dos pares de pilastras curvilíneas con basamento y capitel. En el segundo tablero se repite el tema inferior, pero de menor altura y con un nicho de forma rectangular en el centro. El remate es un frontón curvilíneo con molduras de adorno.
La torre, con su basamento, es de dos cuerpos y columna, con pináculos adosados en las esquinas y vanos de medio punto en cada cara; el segundo cuerpo es de base ochavada, sin vanos y con molduras en la parte superior. El remate es un capulín de forma circular con la cruz sobre una semiesfera.
Del lado derecho se levanta el basamento y la espadaña semicircular de una ventana, adornada con pilastras interiores adosadas a los muros.
La planta es rectangular, cubierta con bóvedas de arista y de cañón en el área de coro, soportadas por columnas interiores adosadas a los muros.
En el interior, el altar mayor y los laterales son de estilo barroco, al igual que las esculturas, ofrendadas por la piedad barroca. Adosados a los gruesos muros hay nichos con esculturas de bulto.
Sobre ambos costados se levantan gruesos contrafuertes y la sacristía, cubierta con bóveda de cañón corrido, en la parte posterior del lado izquierdo.
En el siglo XVI, Popotlán era un pequeño asentamiento a la orilla del río Amatzinac, atendido posteriormente por los agustinos, que permanecieron ahí hasta finales del siglo, en que iniciaron la fundación del templo dedicado a Santo Tomás.
