Hacia el noreste de la jurisdicción de Antequera, en un alto valle de la sierra, había un Estado zapoteco independiente, Ixtlán.
Ixtlán fue encomendada al conquistador Juan Fernández de Mérida.
Los dominicos visitaron el área desde la década de 1530. Para 1570 había clérigo en Chicomesúchil, y de ahí se trasladó el cura a Ixtlán.
En el siglo XVII Santo Tomás Ixtlán fue separado de Chicomesúchil.
El templo de Santo Tomás que se conserva hasta nuestros días, tiene planta de cruz latina; está construido con gruesos muros de mampostería reforzados con contrafuertes que lo separan en tramos cubiertos con cúpulas de pañuelo. Tiene sacristía, coro y dos torres campanario que flanquean la portada.
La portada es de dos cuerpos y remate, separados verticalmente en tres calles por columnas tritóstilas. La calle central aloja en el primer cuerpo, el acceso de medio punto; en el segundo un relieve de Santo Tomás con Cristo resucitado y los apóstoles: seguido en el remate por la ventana coral ochavada, y un relieve. Las calles laterales tienen un nicho con peana; y sólo en el primer cuerpo, con escultura.
