La capilla fue construida en el siglo XVIII y ocupaba la plaza central del pueblo de Santa Catarina Cuixtla, que se asienta sobre la ladera de un cerro, unos cuatro kilómetros al poniente de la ciudad de Miahuatlán. El antiguo templo de El Señor de Cuixtla, fue dañado irremediablemente durante el temblor de enero de 1931. Posteriormente, para llevar a cabo el culto religioso se construyó un nuevo inmueble que ahora es el elemento dominante del conjunto.
Los espacios que componen el conjunto arquitectónico son: el atrio, la capilla en ruinas, la capilla moderna y las oficinas curales.
El atrio rodea ambos edificios por tres de sus lados y está delimitado con una reja de construcción reciente. El acceso se localiza sobre el eje del nuevo edificio, aunque existe una cruz de piedra en el eje del acceso al antiguo templo.
La capilla en ruinas es de una sola nave dispuesta en un eje oriente-poniente, sobre planta rectangular sumamente alargada, con accesos laterales y un camarín como prolongación del ábside. En el frontispicio, la composición se hace a partir de dos torres laterales y un cuerpo central con la portada, que enmarca la puerta principal con arco de medio punto y un ventanal abocinado para iluminación del coro. Los elementos ornamentales son sumamente austeros.
En ambas fachadas laterales existen vanos tapiados así como macizos contrafuertes adosados, con que se buscaba dar mayor estabilidad al inmueble. Las puertas laterales de la nave, tienen cerramiento en arco de medio punto al exterior y arco muy rebajado al interior. Las portadas son de diseño sencillo, con pilastras y cornisas, sobre cada una, hay un óculo abocinado.
El interior, ahora descubierto y en avanzado estado de deterioro, se compone de sotocoro y coro, en el primer entreje, la nave con una longitud de cuatro entrejes y el ábside, espacio más estrecho de proporción cuadrada. El sotocoro conserva aún su cubierta de cañón corrido con decoración pictórica, que genera un ámbito de gran fuerza expresiva.
En la parte alta de los muros correspondientes al tercer y cuarto entreje, existen grandes ventanales que introducían luz en la nave. Una doble línea de denticulos corre a lo largo del interior, que a pesar del deterioro, se muestra como un espacio de buenas proporciones y de un uso mesurado de elementos ornamentales. La visual se dirige y se cierra en el ábside, con un gran vano en el muro testero, -ahora tapiado-, que comunicaba con el camarín posterior. La cubierta de éste, una cúpula semi-esférica de planta octagonal, también se ha derrumbado. Quedan en pie, las pilastras, los arcos torales y una de las pechinas, con ornamentación de distinto lenguaje formal.
El camarín adosado al ábside, al igual que el resto del edificio, es de buena calidad arquitectónica y de fuerte presencia en el contexto urbano.
El sistema constructivo empleado, es el característico de los templos de la región, basado en la combinación de grandes bloques irregulares de piedra, con hiladas de tabique rojo para los muros y contrafuertes, aparejados en hiladas horizontales. Las cubiertas eran de bóvedas de tabique rojo y aplanados de cal-arena en todas las superficies.
