La portada está compuesta de dos cuerpos: en el primero se localiza la puerta, bajo un arco de medio punto, limitada por dos pilastras con ornamentación del cordón franciscano, que continúan hasta recibir el entablamento realizado a base de molduras. Un relieve de un ángel, de gran influencia indígena, se ubica en la clave del arco.
En el segundo cuerpo, con el mismo eje del acceso, se encuentra la ventana rectangular del coro y, sobre ella, un nicho cerrado por un arco de medio punto en el que se aloja la imagen de la Virgen con dos angelitos.
El remate del paramento es un aumento en la dimensión del perfil, que toma una forma curva en cuya cumbre se desplanta una cruz de piedra; en los extremos del imafronte se colocaron sendos remates a manera de macetones.
El templo de la Virgen de la Concepción de Tlajomulco es completamente de cantera; sin embargo, es al mismo tiempo una buena muestra de la forma en que se puede usar un material sin comprender las posibilidades de su textura y la diferente plasticidad en relación con otros materiales. La masa cúbica se desplanta en medio de un gran atrio. Es un desplante vertical, sin más articulación entre el muro y el piso que unos breves contrafuertes laterales.
La fachada muestra los sillares de cantera y, con gran esfuerzo, hay que descubrir la ornamentación localizada en el centro de la composición. Esta se organiza verticalmente en un juego de vanos y llenos de distintas dimensiones y, por lo tanto, de distintos niveles de claroscuro. Sin embargo, la relación con la masa de muro es tan desigual que impide valorar visualmente el juego de intensidades lumínicas.
El vano central se estructura a partir de un arco de medio punto, flanqueado por dos columnillas torneadas apoyadas en pilastras de poco relieve. Un friso multilineal articula el primer nivel con el de la ventana del coro, tratado a partir de pilastras tableradas.
El remate de la portada coincide con el medio punto que termina la portada, donde hay un nicho con una imagen de la Inmaculada, sobre la cual dos ángeles colocan una gran corona. La ornamentación, con base en cordones revoloteando por el medio punto, son los únicos elementos destacables. Sin embargo, la planimetría con la que están tratados no permite que se destaquen nítidamente del fondo.
En el interior, la cantera está descubierta, con excepción de la cubierta, que tiene un aplanado blanco. Entre el paño del muro y las ventanas que iluminan el recinto corre un friso con ornamentación de relieve de follaje. Sobre los capiteles de las columnas se colocaron unas formas fantasiosas, también ornamentadas con pequeños personajes que podrían ser ángeles, pero cuyas figuras resultan muy esquemáticas como resultado de un forzado acomodo en el friso.
En el atrio hay una fuente interesante, rematada por dos ángeles. En la parte superior hay una piedra con una inscripción y una fecha, 1734, que quizá no se relacione con la fuente, sino con alguna parte del templo que se renovó o remodeló.
